修高速公路占用农民承包土地的赔偿归属问题，主要依据土地的所有权和使用权来确定。以下是详细分析：
土地所有权归属：
- 如果被占用的土地属于农村集体所有，那么补偿款通常归农村集体经济组织所有。该组织会按照规定进行分配，通常用于村民的社保、集体基础设施建设等方面。
- 如果被占用的土地是国有土地，且已承包给农民经营，那么补偿款一般归国有土地使用权人，即承包经营者所有。
补偿款分配原则：
- 在农村集体所有土地的情况下，补偿款的分配应遵循公平、公正的原则，确保村民的合法权益得到保障。
- 在国有土地承包经营的情况下，补偿款应直接支付给承包经营者，以补偿其因土地被占用而遭受的损失。
法律依据：
- 根据《土地管理法》等相关法律法规，征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用。
- 补偿标准通常由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定，并考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素。
综上所述，修高速公路占用农民承包土地的赔偿归属，主要根据土地的所有权和使用权来确定。如果是农村集体所有土地，补偿款归农村集体经济组织所有；如果是国有土地承包经营，补偿款归承包经营者所有。在具体操作中，应遵循相关法律法规和补偿标准，确保被征地农民的合法权益得到妥善保障。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。