分包单位对法人不在现场罚款5000元/天的规定是否合理，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若该规定源于双方合同约定
   需重点审查合同条款的合法性及效力：

   • 合法性层面：根据《民法典》第153条，若罚款条款属于“违反法律、行政法规的强制性规定”或“违背公序良俗”，则无效。例如，若合同约定罚款金额远超实际损失（如分包单位未举证每日5000元损失的合理性），可能因显失公平被认定无效。
     
   • 效力层面：若合同系双方真实意思表示，且罚款金额与违约行为造成的损失相当（如法人长期缺位导致工程停滞的直接损失），则条款可能有效。但需注意，罚款性质属于违约金，分包单位需证明损失实际发生，否则可主张调整金额。

2. 若该规定源于分包单位单方制定
   需区分内部管理规则与外部法律关系：

   • 内部管理规则：若分包单位通过内部文件（如《项目管理办法》）规定罚款，且仅针对内部员工或关联企业，可能因缺乏合同依据而无法对外主张。
     
   • 外部法律关系：若分包单位试图以此规则约束总包单位或其他第三方，则因缺乏法律依据（如无行政处罚权）而无效。根据《行政处罚法》第17条，只有行政机关或法律授权的组织才能实施罚款。

3. 若该规定源于行政机关要求
   需核查行政处罚的合法性：

   • 主体资格：根据《行政处罚法》第18条，行政机关可委托符合条件的组织实施处罚，但受委托组织需具备法定条件（如依法成立的管理公共事务的事业组织）。若分包单位受行政机关委托实施罚款，需确认其是否符合主体资格。
     
   • 程序合法性：即使分包单位受委托，也需遵循法定程序（如告知权利、听取陈述申辩等）。若程序违法，罚款决定可能被撤销。

实务建议：

• 对总包单位而言，若合同中存在此类条款，建议要求分包单位提供损失计算依据，或通过协商调整罚款金额；若分包单位单方罚款，可拒绝支付并主张条款无效。
  
• 对分包单位而言，若需通过罚款约束法人到场，建议在合同中明确约定违约责任（如“法人缺位导致工期延误的，按日支付违约金”），并合理设定金额（如参考行业惯例或实际损失）。
  
• 若涉及行政处罚，可要求分包单位出示行政机关的委托文件及处罚决定书，必要时通过行政复议或诉讼维权。

如有具体合同文本或处罚文件，可进一步分析条款效力及应对策略。