针对您提出的“原告公司注销后，已经进入执行程序的案件怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
当原告公司在已经进入执行程序的案件中注销时，处理方式主要取决于公司注销前是否已安排了诉讼权利义务的承继，以及是否存在合法的权利义务承继主体。
一、公司注销前已完成诉讼权利义务承继安排
若原告公司在注销前已经通过合法方式（如公司章程、股东会决议等）确定了诉讼权利义务的承继主体，并且该承继主体已经向法院提交了合法有效的证明文件，那么法院将继续执行程序，并将承继主体变更为新的申请执行人。此时，执行程序可以正常进行，由新的申请执行人继续行使原公司在执行程序中的权利并履行相应义务。
二、公司注销前未安排诉讼权利义务承继
申请变更执行主体：
- 如果判决后公司注销，在执行阶段发现该情况，申请执行人的权利义务承继人（如股东、继承人等）可以向法院申请变更执行主体。
- 申请时需要提交相关证据证明承继关系，如公司注销证明、承继协议、股东会决议等。
- 法院经审查确认后，会裁定变更承继人为申请执行人，继续执行程序。
无承继主体或无法证明承继关系：
- 如果无法确定权利义务承继主体，或者虽有相关人员但不能证明承继关系合法有效，执行程序可能因缺乏适格主体而无法继续。
- 在这种情况下，法院可能会裁定终结执行程序，因为执行程序需要明确的申请执行人来推动。
三、特殊情形的处理
已达成调解协议或有生效判决：
- 如果原告公司在注销前已与被告达成了调解协议，或者有生效的法院判决，那么即使原告公司已经注销，其权利和义务也已通过法律文书得到明确。
- 此时，执行程序将继续按照调解协议或判决的规定进行，由承继主体（如果有）或相关责任人履行相应义务。
未达成任何协议且未经清算或破产程序即注销：
- 根据相关法律法规，如果原告公司在注销前未与被告达成任何协议，且未经清算或破产程序即注销，法院可能会将原告公司的股东、发起人或者出资人作为新的当事人，继续进行执行程序（如果诉讼程序尚未终结且需要继续的话）。
- 但这一情形更多涉及诉讼程序的继续，而非执行程序的直接处理。在执行阶段，主要关注的是是否存在合法的申请执行人。
四、法院处理的一般原则
- 法院在处理此类案件时，会遵循保护各方当事人合法权益的原则，确保执行程序的顺利进行。
- 原告公司应尽可能在注销前安排好诉讼权利义务的承继，并向法院提供相关证据和说明。
- 法院也会根据相关法律法规和公司章程的规定，对承继关系的合法性和有效性进行审查。
综上所述，原告公司注销后已经进入执行程序的案件的处理方式主要取决于是否存在合法的权利义务承继主体。如果存在承继主体且能证明承继关系合法有效，执行程序将继续进行；如果不存在或无法证明承继关系，执行程序可能会被终结。