当执行过程中发现被执行人公司已经注销时，债权人应首先核实注销的合法性及具体情况，并据此采取相应措施追究相关责任人的责任或通过法律途径寻求救济。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、核实注销情况与合法性审查
查询注销信息：
- 债权人应通过国家企业信用信息公示系统或当地工商行政管理部门，核实公司的注销状态、注销时间以及注销原因（如自愿解散、被吊销营业执照等）。
审查注销程序：
- 根据《公司法》及相关规定，检查公司注销时是否依法进行了清算，包括是否通知了已知债权人，并在报纸上进行了公告。若注销程序存在瑕疵，如未按规定通知债权人或清算过程中存在违法违规行为，该注销行为可能无效或可撤销。
调查股东及清算组责任：
- 如果公司注销存在违法情形，股东可能需要承担连带责任，特别是当股东在公司清算时未履行清算义务，导致公司财产流失无法清偿债务时。
- 同时，清算组成员在清算过程中如果存在故意或者重大过失，给债权人造成损失的，也应当承担赔偿责任。
二、评估法律影响与处理措施
债务处理：
- 若公司在注销前存在未清偿的债务，债权人可以主张原股东在出资范围内承担清偿责任，或者依据股东在注销时的承诺要求其承担责任。例如，如果股东在公司注销时承诺对公司债务承担连带责任，那么债权人可以直接向该股东追偿。
合同履行与违约责任：
- 对于公司注销前未履行完毕的合同，合同相对方有权要求原股东承担相应的合同违约责任，包括继续履行合同或赔偿损失。这取决于合同的具体条款以及股东在注销时的承诺。
侵权责任与行政责任：
- 如果公司在运营过程中存在侵权行为或违反行政法规的行为，即使公司已经注销，相关权利人或行政机关仍可能追究原股东的侵权责任或进行行政处罚。例如，如果公司因环境污染被处罚，而公司注销后未履行处罚义务，那么相关行政机关可能会追究原股东的责任。
三、法律救济途径
申请追加被执行人：
- 在执行阶段，如果发现股东或其他相关责任人存在应当承担责任的情形，债权人可以向执行法院申请追加他们为被执行人，并要求其承担清偿责任。这需要提供充分的证据证明股东或其他责任人的责任。
提起诉讼：
- 如果无法通过追加被执行人的方式解决问题，或者存在其他复杂的法律纠纷，债权人可以另行提起诉讼，要求相关责任人承担责任。在诉讼过程中，需要提供充分的证据来证明自己的主张，如合同、欠款凭证、催款记录等。
四、实际操作步骤与注意事项
及时行动：
- 一旦发现被执行人公司已注销，应尽快采取行动，以免错过诉讼时效或丧失追偿机会。根据《民法典》的规定，诉讼时效期间通常为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
保留证据：
- 妥善保管与公司交易的相关证据材料，如合同、发票、付款凭证等，以备不时之需。这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用。
关注后续事宜：
- 即使公司已经注销，仍需关注其税务处理情况，确保所有税款已结清。同时，应妥善销毁公司印章，以避免被他人滥用。此外，保存好与公司相关的所有档案资料，以备不时之需。
总结来说，当执行过程中发现被执行人公司已经注销时，债权人应首先核实注销的合法性及具体情况，并据此采取相应措施追究相关责任人的责任或通过法律途径寻求救济。在处理此类复杂问题时，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。