结论：在买卖在先、抵押在后，且法院调解书已确定标的物归买受人所有的情况下，买受人理论上可以与银行进行协商，但协商的具体结果及可行性需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律背景与原则
物权变动原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记或交付。在买卖合同中，若标的物已交付且买受人已支付价款，且法院调解书已确认买受人取得所有权，则买受人已成为该标的物的合法所有人。
抵押权的设立与效力：
- 抵押权作为担保物权，其设立需依法进行登记（对于不动产）或交付（对于动产，但实践中动产抵押多通过登记公示）。抵押权设立后，抵押权人对抵押物享有优先受偿权。然而，若抵押权设立时，抵押物已因买卖合同而转移所有权，且买受人已合法取得所有权，则抵押权的设立可能因缺乏合法基础而无效或受到限制。
二、买受人与银行协商的可行性
协商的基础：
- 买受人作为标的物的合法所有人，有权对标的物进行处分，包括与银行就抵押事宜进行协商。然而，协商的可行性取决于银行的态度、抵押物的价值、买受人的信用状况以及双方的具体需求。
协商的内容：
- 买受人可以与银行协商解除抵押、变更抵押条件（如降低抵押额、延长还款期限等）或寻求其他解决方案（如提供其他担保物、引入第三方担保等）。协商过程中，买受人应充分展示其作为合法所有人的权益，并说明抵押权设立时可能存在的瑕疵或问题。
协商的难点：
- 银行作为抵押权人，可能对抵押物的价值、买受人的信用状况以及协商方案的可行性存在疑虑。此外，若抵押权已依法设立且有效，银行可能坚持要求买受人履行抵押合同中的义务，如偿还债务或提供其他担保。
三、法律建议与风险提示
法律建议：
- 核实抵押权状况：买受人在与银行协商前，应首先核实抵押权的设立情况，包括抵押登记的时间、内容以及是否存在瑕疵或问题。
- 准备充分证据：买受人应准备充分的证据证明其作为合法所有人的权益，如法院调解书、买卖合同、支付凭证等。
- 寻求专业帮助：鉴于法律问题的复杂性，买受人可以寻求专业律师的帮助，以制定更合理的协商方案并降低法律风险。
风险提示：
- 协商失败的风险：若银行坚持要求买受人履行抵押合同中的义务或拒绝协商，买受人可能面临无法解除抵押或变更抵押条件的风险。
- 法律纠纷的风险：若协商过程中出现争议或纠纷，买受人可能面临法律诉讼或仲裁的风险，需承担相应的法律费用和时间成本。
总结与进一步思考：在买卖在先、抵押在后且法院调解书已确定标的物归买受人所有的情况下，买受人理论上可以与银行进行协商。然而，协商的具体结果及可行性需结合实际情况判断。买受人在协商前应充分核实抵押权状况、准备充分证据并寻求专业帮助，以降低法律风险并提高协商成功的可能性。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。