企业单位与企业之间签订的房屋拆除协议，若对方企业无建筑资质，该协议一般会被认定为无效。以下从不同角度为你详细分析：

法律背景与规定

根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规的规定，从事建筑活动的企业必须具备相应的资质条件，这是为了保障建筑活动的安全和质量，维护公共利益。若企业未取得相应的建筑资质而从事建筑活动，包括房屋拆除等，其签订的相关合同或协议可能会因违反法律、行政法规的强制性规定而被认定为无效。

协议无效的法律后果

1. 返还财产：如果协议被认定为无效，双方因该协议取得的财产应当予以返还。对于房屋拆除协议而言，可能涉及已拆除房屋的残值、拆除过程中产生的费用等。
2. 赔偿损失：因协议无效给一方造成损失的，有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。如果双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。在房屋拆除协议中，如果因无资质企业的拆除行为导致损失，该企业可能需要承担赔偿责任。
3. 行政处罚：无资质企业从事建筑活动还可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。

特殊情况与考量

1. 表见代理或表见代表：如果无资质企业以有资质企业的名义签订协议，且相对方有理由相信其有代理权或代表权，可能构成表见代理或表见代表。在这种情况下，协议可能不会被直接认定为无效，但有资质企业可能需要承担相应的法律责任。不过，这种情况较为复杂，需要具体分析相关证据和事实。
2. 协议部分无效：如果协议中除了拆除房屋外，还涉及其他合法内容，且这些内容与拆除房屋的行为可以分离，那么协议中关于其他合法内容的部分可能仍然有效。但这种情况也需要具体分析协议的具体内容和条款。

法律建议

1. 审查资质：在签订房屋拆除协议前，务必审查对方企业的建筑资质，确保其具备从事相关建筑活动的资格。
2. 明确条款：在协议中明确约定双方的权利和义务，包括拆除范围、拆除方式、安全责任、违约责任等，以减少纠纷的发生。
3. 咨询专业律师：如果对协议的法律效力或相关条款存在疑问，建议咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。

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