承租人逾期腾退商铺，应当支付占有费的法律依据主要来源于《中华人民共和国民法典》的相关规定。以下从不同角度为您详细分析：
法律依据之合同约定：
- 首先，如果租赁合同中明确约定了承租人逾期腾退商铺时需要支付占有费或类似费用的条款，那么承租人应当按照合同约定履行支付义务。这是基于合同自治原则，即合同双方有权在合同中约定各自的权利和义务。
法律依据之法定权利：
- 在没有合同约定或合同约定不明确的情况下，根据《中华人民共和国民法典》第七百三十三条：“租赁期限届满，承租人应当返还租赁物。返还的租赁物应当符合按照约定或者根据租赁物的性质使用后的状态。” 若承租人逾期未腾退商铺，即构成了对出租人财产权的侵害，出租人有权要求承租人支付逾期腾退期间的占有使用费。
- 具体来说，这种占有使用费可以参照原租赁合同中的租金标准来计算，因为承租人逾期腾退期间，实际上仍然在占有并使用商铺，与租赁期间的状态相似。当然，如果双方能够协商确定一个更合理的费用标准，也是可以的。
法律后果与建议：
- 如果承租人拒绝支付占有费，出租人可以通过法律途径来维护自己的权益，比如向法院提起诉讼，要求承租人支付逾期腾退期间的占有使用费及可能产生的其他损失。
- 建议出租人在租赁合同中明确约定逾期腾退的违约责任和占有费的支付标准，以避免未来可能出现的纠纷。同时，在承租人逾期腾退时，出租人也应及时与承租人沟通，并保留好相关证据，以便在需要时通过法律途径来维护自己的权益。
综上所述，承租人逾期腾退商铺时，应当支付占有费的法律依据主要来源于《中华人民共和国民法典》的相关规定以及租赁合同的约定。如果您在处理此类纠纷时遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。