结论：针对您“涉嫌强奸罪检察院事实不清证据不足不批捕，公安监视居住三个月了没有消息”的情况，您可以从了解监视居住的性质与期限、主动与公安机关沟通、关注案件进展、准备辩护材料以及考虑法律救济途径这几个方面来应对。

详细分析：

1. 了解监视居住的性质与期限：

   • 监视居住是刑事诉讼中的一种强制措施，它不同于逮捕，但同样限制犯罪嫌疑人的人身自由。根据《刑事诉讼法》的相关规定，监视居住的期限最长不得超过六个月。在您的案例中，已经监视居住了三个月，这意味着还有可能继续监视居住一段时间，但总期限不会超过六个月。

2. 主动与公安机关沟通：

   • 既然已经三个月没有消息，您可以主动联系负责案件的公安机关，了解案件的最新进展。这有助于您及时掌握案件动态，也能让公安机关知道您对案件的关注，可能促使他们加快处理速度。

3. 关注案件进展，准备辩护材料：

   • 在等待期间，您应密切关注案件的进展，包括是否有新的证据出现、公安机关是否提出了新的指控等。同时，您也可以开始准备辩护材料，如收集证明自己无罪或罪轻的证据，撰写辩护词等。这些材料在后续的诉讼程序中可能会发挥重要作用。

4. 考虑法律救济途径：

   • 如果监视居住期限届满后，公安机关仍未采取进一步措施（如提请批准逮捕、撤销案件等），您可以考虑通过法律途径维护自己的权益。例如，您可以向公安机关的上级部门或同级人民检察院提出申诉，要求解除监视居住或采取其他适当措施。
   • 另外，如果公安机关在监视居住期间存在违法行为（如超期监视居住、侵犯您的人身权利等），您也可以依法向有关部门投诉或寻求法律援助。

5. 关于检察院不批捕的决定：

   • 检察院不批捕通常意味着他们认为目前的事实和证据不足以支持对您的逮捕申请。这并不意味着您完全无罪，而是说在现有证据下，逮捕的必要性不高。因此，您仍需保持警惕，积极应对后续可能出现的法律程序。

后续建议：

• 在整个过程中，建议您保持与律师的密切沟通。律师可以根据您的具体情况和案件进展，为您提供专业的法律建议和帮助。
• 同时，您也应遵守监视居住的相关规定，不要擅自离开指定的居住地点或违反其他限制条件，以免给自己带来不必要的麻烦。

如果您在应对过程中遇到任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况和案件进展，为您提供专业的法律建议和辩护策略。