结论前置：即使出轨行为已经过去三个月且部分证据缺失，您仍然可以起诉离婚，但证据的缺失可能会影响法院对出轨事实的认定以及后续财产分割、损害赔偿等问题的处理。以下从不同角度为您详细分析：
一、起诉离婚的时间限制
在婚姻关系中，一方出轨并不受时间限制的影响，无论出轨行为发生在何时，只要您认为夫妻感情已经破裂，无法继续共同生活，都可以随时向法院提起离婚诉讼。因此，即使出轨行为已经过去三个月，您仍然有权起诉离婚。
二、证据缺失的影响及应对
证据的重要性：
- 在离婚诉讼中，证据是证明夫妻感情破裂、对方存在过错以及争取财产分割、损害赔偿等权益的关键。出轨行为的证据，如聊天记录、照片、视频等，能够直接证明对方的不忠行为，对法院的判决产生重要影响。
证据缺失的应对：
- 尝试恢复证据：虽然小三的微信已被拉黑，但您可以尝试通过其他途径恢复聊天记录，如联系微信客服、寻求技术帮助等。同时，也可以查找其他可能的证据，如银行转账记录、共同出行的记录等，以间接证明出轨行为。
- 利用其他证据：即使直接证据缺失，您仍然可以提供其他间接证据来支持您的主张。例如，您可以提供证人证言，如亲友、邻居等目击者，他们可能能够证明对方与小三的亲密关系。此外，您还可以提供对方的行为表现、态度变化等证据，以证明夫妻感情已经破裂。
- 强调感情破裂：在诉讼中，您可以重点强调由于对方的出轨行为导致夫妻感情已经破裂，无法继续共同生活。即使无法直接证明出轨行为，法院也会根据夫妻关系的实际情况进行综合判断。
三、诉讼中的注意事项
准备充分的诉讼材料：
- 在提起离婚诉讼前，您需要准备充分的诉讼材料，包括起诉状、证据清单、相关证据等。起诉状应明确您的诉讼请求和事实理由，证据清单应详细列出您所提供的证据及其证明目的。
选择合适的诉讼策略：
- 根据您的具体情况和证据情况，选择合适的诉讼策略。例如，如果您希望尽快离婚并争取财产分割和损害赔偿，可以积极提供证据证明对方的过错行为；如果您更希望和平解决纠纷，可以考虑通过调解等方式达成离婚协议。
寻求专业法律帮助：
- 离婚诉讼涉及复杂的法律问题和程序，建议您寻求专业律师的帮助。律师能够为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您更好地维护自己的合法权益。
最后建议：虽然出轨行为的证据缺失可能会给诉讼带来一定困难，但您仍然可以通过其他途径证明夫妻感情已经破裂并争取自己的权益。如果您在诉讼过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。