在农村宅基地上开设笔杆加工厂是否违法，需分情况讨论，具体如下：
若宅基地性质及使用符合规定，且加工厂运营合法，则不违法
- 宅基地性质：宅基地是农村村民用于建造住宅及其附属设施的集体建设用地，其用途具有特定性，主要用于居住。但根据《土地管理法》及相关规定，在符合规划、不改变土地用途且经过合法审批的前提下，宅基地上的房屋可以用于家庭副业、手工业等，这为在宅基地上开设小型加工厂提供了一定的法律空间。
- 加工厂运营合法性：若笔杆加工厂规模较小，属于家庭副业或手工业范畴，且未对周边环境、邻居生活等造成不良影响，同时办理了相关的工商注册、税务登记等手续，那么其运营是合法的。
若存在以下情形，则可能违法：
- 改变土地用途：未经批准，擅自将宅基地用于非居住目的，如大规模开设加工厂，改变了土地用途，这违反了《土地管理法》中关于土地用途管制的规定。
- 未办理相关手续：开设加工厂需要办理工商注册、税务登记、环保审批等一系列手续。若未办理这些手续，或者手续不全，那么加工厂的运营就是违法的。
- 影响周边环境或邻居生活：若加工厂在运营过程中产生了噪音、污染等，对周边环境或邻居生活造成了不良影响，且未采取有效措施进行整改，那么也可能构成违法。
法律建议：
- 了解当地政策：在开设加工厂前，应详细了解当地关于宅基地使用、工商注册、税务登记、环保审批等方面的政策规定，确保自己的行为符合法律要求。
- 办理相关手续：按照当地政策要求，办理好工商注册、税务登记、环保审批等手续，确保加工厂的合法运营。
- 注意环保和噪音控制：在加工厂运营过程中，应采取有效措施控制噪音和污染，确保不对周边环境或邻居生活造成不良影响。
可能后果：
- 若未经批准擅自改变宅基地用途或未办理相关手续开设加工厂，可能面临土地管理部门、工商部门、税务部门等的处罚，包括罚款、责令停业整顿、吊销营业执照等。
- 若加工厂运营过程中对周边环境或邻居生活造成了不良影响且未整改，可能面临环保部门的处罚或邻居的民事诉讼。
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