核心结论：已经支付定金但未签订协议，多年后如何计算，这主要取决于双方后续的行为、是否有补充协议以及相关法律规定。以下分情况讨论：
若双方后续补签了协议：
- 情况说明：如果双方在支付定金后，多年内补签了正式的协议，并且该协议中明确规定了定金的处理方式、合同的主要条款等，那么应当按照补签的协议来计算和执行。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。因此，补签的协议一旦成立并生效，就应当作为双方权利义务的依据。
若双方未补签协议，但存在事实合同关系：
- 情况说明：如果双方虽然未补签书面协议，但已经按照口头约定或者实际履行情况形成了事实上的合同关系，并且双方对此均无异议，那么可以参照实际履行情况和交易习惯来确定双方的权利义务。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同成立和履行的相关规定，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。同时，在合同履行过程中，应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
- 定金处理：在此情况下，定金的处理可能需要根据实际履行情况和双方协商来确定。如果一方违约，定金可能作为违约赔偿的一部分；如果合同正常履行，定金可能转化为合同价款的一部分或者退还。
若双方未补签协议，且无法确定事实合同关系：
- 情况说明：如果双方既未补签书面协议，也无法确定存在事实上的合同关系，那么定金的处理可能变得复杂。此时，可能需要依据相关法律规定和双方提供的证据来判断定金的归属和责任。
- 法律依据：在这种情况下，可能需要参考《中华人民共和国民法典》中关于不当得利、无因管理等相关规定。如果一方收取定金后无法证明其有合法依据，可能构成不当得利，应当返还给对方。
- 风险提示：由于这种情况下法律关系不明确，双方可能面临较大的法律风险。因此，建议双方尽快协商解决，或者通过法律途径寻求公正裁决。
法律建议：
- 对于已经支付定金但未签订协议的情况，建议双方尽快补签书面协议，明确双方的权利义务和定金的处理方式，以避免未来可能出现的纠纷。
- 如果双方无法就补签协议达成一致，或者存在其他复杂情况，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
可能后果：
- 如果双方能够协商解决并补签协议，那么可以按照协议约定来执行，避免法律纠纷。
- 如果双方无法协商解决，且法律关系不明确，那么可能面临法律诉讼和裁决，这可能会耗费双方大量的时间和精力，并可能带来经济损失。因此，建议双方在处理此类问题时保持谨慎和理性。