结论：法院以“原告也认可已收到该款项”作为认定事实的依据，这一做法本身在程序上是合理的，但具体是否构成对强拆行为合法性的认可或影响赔偿金额，需结合款项性质、支付时间、双方约定及强拆行为的合法性综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、法院认定“原告收到款项”的程序合理性

1. 证据规则角度
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，当事人自认的事实（如原告承认收到款项）一般无需对方举证证明，法院可直接采纳。若原告在庭审中明确认可收到款项，或签署了收款确认文件，法院将该事实作为裁判依据符合程序规定。

2. 款项性质的关键性
   法院的认定仅解决“款项是否实际支付”的问题，不直接等同于认可强拆合法性。若该款项被明确标注为“补偿款”或“赔偿款”，且强拆行为本身违法（如未依法作出补偿决定、未履行催告程序），原告仍有权主张剩余补偿或赔偿；若款项性质模糊（如仅标注“临时补助”），则需进一步结合强拆行为合法性判断。

二、强拆前支付款项对案件实体影响的分析

1. 若强拆行为合法
   根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第27条，实施房屋征收应先补偿后搬迁。若强拆前支付的款项已涵盖全部法定补偿内容（如房屋价值、搬迁费、停产停业损失等），且原告签署了补偿协议或确认文件，法院可能认定原告已实际接受补偿，强拆行为虽程序上可能存在瑕疵（如未留足搬迁时间），但实体上可能不构成违法。

2. 若强拆行为违法
   若强拆未依法作出补偿决定、未履行催告程序或未给予合理搬迁时间，即使支付了部分款项，强拆行为仍属违法。此时，原告有权主张：

   • 剩余补偿：已支付款项不足部分；
     
   • 赔偿：因违法强拆导致的屋内物品损失、租金损失等（需举证证明具体损失金额）；
     
   • 行政赔偿：若强拆主体为行政机关，可依据《国家赔偿法》主张赔偿。

三、原告的应对建议

1. 核查款项性质与金额
   要求法院或对方提供付款凭证、转账记录及款项用途说明，确认是否为法定补偿内容及是否足额。若款项仅覆盖部分补偿，可主张剩余部分；若款项性质为“借款”或“临时补助”，则不影响赔偿主张。

2. 主张强拆行为违法
   若强拆未履行法定程序（如未公告补偿方案、未评估房屋价值、未作出补偿决定等），可向法院提交证据（如强拆现场视频、报警记录、未收到补偿决定的证明等），主张强拆违法并要求赔偿。

3. 申请司法鉴定或评估
   对屋内物品损失、房屋价值等争议事项，可申请法院委托专业机构评估，以确定具体赔偿金额。

四、典型案例参考

• 案例1：某地法院判决中明确，行政机关在强拆前仅支付部分补偿款，且未依法作出补偿决定，强拆行为被认定违法，原告获赔剩余补偿及屋内物品损失。
  
• 案例2：原告签署了《补偿协议》并领取全部款项后，法院驳回其关于强拆违法的诉求，认定其已实际接受补偿。

总结：法院认定“原告收到款项”仅解决事实问题，不影响对强拆行为合法性的独立判断。若您认为强拆违法或补偿不足，建议尽快整理证据（如强拆程序瑕疵证明、损失清单等）并向我咨询，我将结合具体案情为您制定维权策略。