请假超过三天扣发工资是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法情况
规章制度明确且程序合法：
- 若用人单位通过民主程序制定了规章制度，并已向劳动者公示，明确规定在某些情形下（如旷工、迟到早退达到一定次数，或请假超过一定天数等）可以扣除相应工资，且扣除标准合理，不违反法律法规的强制性规定，则此扣除行为具有合法性基础。例如，公司规章制度中明确规定“员工请假超过三天，将扣除超出天数对应的日工资”，且该制度经过民主程序制定并公示，那么这种扣除行为是合法的。
劳动者原因造成经济损失：
- 若劳动者因自身故意或重大过失行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿。赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。不过，这种情况与“请假超过三天扣发工资”不完全一致，但如果是因请假期间未妥善处理工作导致公司损失，且符合上述条件，公司也可能据此扣除部分工资。
员工请事假：
- 员工请事假期间，用人单位有权不支付该期间工资，这不属于“扣工资”范畴，而是正常的工资计发方式。但需注意，扣除的仅是事假期间的工资，不得额外扣除其他工资部分。
二、不合法情况
缺乏规章制度依据或程序不合法：
- 若用人单位没有制定合法有效的规章制度，或虽有制度但未经过民主程序制定及公示，或扣除理由与规章制度不符，则扣除工资行为缺乏合法性基础。例如，公司未在规章制度中明确规定请假超过三天扣发工资，却擅自扣除员工工资，这种行为是违法的。
无故克扣工资：
- 在劳动者正常工作、无违规违纪行为，且未给公司造成经济损失的情况下，用人单位无故克扣工资是违法的。我国法律明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
扣除后工资低于最低工资标准：
- 无论何种原因扣除工资，扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。若扣除后工资低于该标准，则扣除行为违法。
三、劳动者应对措施
- 沟通协商：首先与用人单位进行沟通协商，要求说明扣工资的理由，并提供相应的证据和规章制度依据。
- 投诉举报：若协商不成，劳动者可向劳动监察部门投诉，要求用人单位支付被扣工资。
- 劳动仲裁或诉讼：在必要时，劳动者可通过劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。
四、举例说明
- 合法示例：小张所在公司规章制度中明确规定“员工请假超过三天，将扣除超出天数对应的日工资”，且该制度经过民主程序制定并公示。小张请假四天，公司扣除其一天的日工资，这种行为是合法的。
- 违法示例：小李所在公司未在规章制度中明确规定请假超过三天扣发工资，却擅自扣除小李三天的工资。这种行为缺乏合法性基础，是违法的。
总结：请假超过三天扣发工资是否合法，需根据用人单位的规章制度、扣除理由、扣除标准以及是否违反法律法规的强制性规定等因素综合判断。劳动者应了解自己的权利，并在遭遇此类情况时，积极采取合法途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。