结论：公司非法经营时，员工是否有罪取决于其主观认知、参与程度及具体行为。若员工对公司非法经营不知情且未参与，通常不承担责任；若明知并积极参与或起关键作用，则可能构成犯罪。
一、一般情况下员工无罪的情形
无知情且无参与：
- 如果员工对公司的非法经营活动并不知情，且在正常工作范围内仅履行自己的职责，没有参与非法经营的决策、策划或实施等关键环节，那么员工通常不会构成犯罪，也不会承担刑事责任。例如，生产线上的普通工人，他们只负责按照流程完成生产任务，对公司整体经营是否违法并不了解，这种情况下不应认定员工有罪。
虽知情但未参与关键环节：
- 即便员工对公司存在非法经营行为有所察觉，但只要他们并未参与决策、策划或实施等关键环节，而是仅按照上级安排从事辅助性、基础性工作，也通常不构成犯罪。因为犯罪的认定要求行为人主观上具有故意，并实施了刑法禁止的行为。
二、员工可能构成犯罪的情形
主观明知且积极参与：
- 如果员工明知公司的经营活动是违法的，但仍然积极参与其中，如协助组织交易、招揽客户、提供技术支持或与非法经营直接相关的其他行为，那么员工可能会因为共同参与了非法经营活动而被认定为犯罪。例如，在公司从事非法证券交易活动中，员工如果受雇负责向客户推广相关业务并进行虚假宣传，这种积极的行为就可能会被认定构成非法经营罪的共犯。
在非法经营中起主要作用：
- 即使员工并非完全清楚公司行为的违法性，但如果他们在非法经营活动中担任关键角色，对非法经营的实施、运作起到了重要作用，也可能因此被追究刑事责任。比如，公司的财务人员如果负责管理非法经营所得的资金，进行账目处理以掩盖非法经营行为，那么这些财务人员可能会因为其在非法经营活动中的核心作用而被视为有罪。
三、司法实践中的考量因素
在司法实践中，对于公司非法经营案件中员工是否有罪的认定，法院会综合考虑多方面因素，包括但不限于：
- 员工在公司中的具体职位：职位越高，可能承担的责任越大。
- 实际工作内容：是否涉及非法经营的关键环节。
- 主观认知状态：是否明知公司行为违法。
- 参与程度：是否积极参与或起关键作用。
- 行为对非法经营活动的贡献：是否对非法经营活动的实施、运作起到了重要作用。
四、对员工的建议与警示
增强法律意识：
- 员工在进入公司前应充分了解公司的业务范围和合法性，确保自己不会因公司的非法经营而卷入法律纠纷。
保持警惕：
- 在工作中应时刻保持警惕，一旦发现公司存在违法行为，应及时采取措施保护自己，避免成为非法经营的“替罪羊”。
及时举报：
- 如发现公司存在非法经营行为，员工应及时向有关部门举报，以保护自己免受法律牵连。
综上所述，公司在非法经营时，员工的刑事责任是一个复杂的问题，需要根据每个员工的具体情况来综合判断。作为员工，应时刻保持法律意识，确保自己的行为符合法律法规的要求。如果你或你身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。