关于以员工不胜任工作为由辞退员工的赔偿问题，这确实是一个涉及劳动法的重要议题。以下是我从多个角度为你进行的详细分析：
一、结论前置
- 合法辞退：若公司能证明员工确实不胜任工作，并已履行培训或调岗等法定程序，且提前通知或支付了代通知金，则无需支付赔偿金，但需支付经济补偿金。
- 违法辞退：若公司未履行法定程序或解除程序存在瑕疵，则构成违法辞退，需按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。
二、合法辞退的具体情形与赔偿
前提条件：
- 公司需有充分证据证明员工不胜任工作，如明确的岗位职责、合理的考核标准及员工不符合标准的相关证据。
程序要求：
- 在辞退前，公司已对员工进行了培训或调整了工作岗位，且经过这些措施后，员工仍然不能胜任工作。
- 公司需保留培训计划及记录、调岗通知等相关证据。
通知与支付：
- 公司提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，可以解除劳动合同。
- 经济补偿金：公司需按照员工在本单位工作的年限支付经济补偿金，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
三、违法辞退的具体情形与赔偿
程序不合法：
- 若公司未对员工进行培训或调岗，或直接以不能胜任工作为由辞退员工，未提前通知也未额外支付工资，则构成违法辞退。
缺乏证据：
- 若公司无法提供有效证据证明员工不能胜任工作，或不能证明已履行了培训、调岗等前置程序，同样构成违法辞退。
赔偿责任：
- 在违法辞退的情况下，公司需要按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。即每满一年支付两个月工资的标准；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付一个月工资的赔偿金。
四、特殊情况下的赔偿标准
对于月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的员工，向其支付的经济补偿标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
五、实际案例与法律建议
案例：假设某员工在公司工作了5年，月工资为10000元，因不胜任工作被公司辞退。若公司未履行培训或调岗程序，则构成违法辞退，需支付的赔偿金为：\(10000元/月 \times 5年 \times 2 = 100000元\)。若公司已履行相关程序，则只需支付经济补偿金：\(10000元/月 \times 5年 = 50000元\)。
法律建议：
- 公司方面：在做出辞退决定时，应确保符合相关法律规定，包括有充分的证据证明员工不能胜任工作，以及已履行了培训或调岗等前置程序。同时，公司应严格按照法律规定的程序进行操作，以避免不必要的法律风险。
- 员工方面：若遭遇违法辞退，应收集相关证据，如劳动合同、工资条、工作记录、培训记录等，以证明自己的权益。并可以通过协商、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他关于劳动纠纷的问题，欢迎直接向我咨询。