结论：公司在查出违规报销时没有出示所有报销凭证进行核实，这一程序是否合法不能一概而论，需结合具体情况和相关规定来判断。以下从不同角度进行分析：
从公司内部规章制度的角度：
- 如果公司有明确的报销管理制度，且该制度中规定了在进行违规报销调查时，必须出示所有相关报销凭证进行核实，那么公司未出示所有凭证进行核实的行为就违反了内部规章制度，程序不合法。
- 反之，如果公司内部规章制度并未明确规定必须出示所有报销凭证进行核实，或者规定了其他核实方式，那么公司未出示所有凭证的行为可能并不违反内部规定，但需进一步结合法律法规来判断。
从法律法规的角度：
- 在一般情况下，法律法规并未直接规定公司在调查违规报销时必须出示所有报销凭证。然而，公司在进行内部调查时，应当遵循公平、公正、公开的原则，确保调查程序的合法性和合理性。
- 如果公司未出示所有报销凭证进行核实，导致员工权益受到侵害（如错误认定违规报销、未给予员工充分的申辩机会等），那么公司可能面临法律风险，如被员工提起劳动争议仲裁或诉讼。
从实际操作和证据收集的角度：
- 出示所有报销凭证进行核实是确保调查结果准确、公正的重要环节。如果公司未出示所有凭证，可能导致调查结果存在偏差或遗漏，进而影响对违规报销行为的认定和处理。
- 从证据收集的角度来看，公司应当尽可能收集全面、客观的证据来支持其调查结论。未出示所有报销凭证可能意味着公司未能充分收集证据，从而影响其调查结论的可靠性和说服力。
法律建议：
- 对于公司而言，在进行违规报销调查时，应当遵循内部规章制度和法律法规的规定，确保调查程序的合法性和合理性。如果可能的话，最好出示所有相关报销凭证进行核实，以确保调查结果的准确性和公正性。
- 对于员工而言，如果认为公司在调查违规报销时未出示所有报销凭证进行核实，侵犯了自己的合法权益，可以与公司进行沟通协商，要求公司出示相关凭证或重新进行调查。如果协商无果，员工可以向劳动争议仲裁机构或法院提起仲裁或诉讼，维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果公司未出示所有报销凭证进行核实，且该行为被认定为违反内部规章制度或法律法规，公司可能面临内部纪律处分、劳动争议仲裁或诉讼等法律后果。
- 对于员工而言，如果因公司未出示所有凭证而导致其权益受到侵害，员工有权要求公司承担相应的法律责任，如赔偿损失、恢复名誉等。