在行政协议无效的举证责任分配上，主要遵循“谁主张、谁举证”的基本原则，同时结合行政协议的特殊性进行具体分析。以下是从不同角度对这一问题的详细解答：
一、被告（行政机关）的举证责任
行政行为合法性的举证：
- 行政机关需对其作出的行政行为（如单方变更、解除行政协议等）的合法性承担举证责任。这包括提供作出该行为的证据和所依据的规范性文件。例如，若政府以公共利益需要为由单方解除土地出让协议，则必须举证证明解除行为确实基于公共利益考量，且符合法定程序和实体条件。
履行协议义务的举证：
- 行政机关还需证明其已按照行政协议约定履行了义务。这可能需要提供如建设工程合同、竣工验收报告等证据，以证明其完成了约定的配套基础设施建设等工作。
掌握证据的提供义务：
- 若相关证据由行政机关掌握，行政机关有义务提供。无正当理由拒不提供的，人民法院可推定原告基于该证据主张的事实成立。
二、原告（行政相对人）的举证责任
协议存在及自身履行情况的初步证明：
- 行政相对人需对行政协议的存在以及自身按协议约定履行了相应义务承担初步的举证责任。例如，提供征收补偿协议文本、交房证明、搬迁费用支付凭证等证据。
行政协议无效事由的举证：
- 若行政相对人主张行政协议无效，则需对无效事由承担举证责任。这可能包括证明行政协议存在违反法律、行政法规的强制性规定，或者损害国家利益、社会公共利益等情形。
损害事实的举证（如涉及赔偿）：
- 若行政相对人主张行政机关的行为给其造成了损害并要求赔偿或补偿，则需对损害事实、程度及与行政机关行为之间的因果关系承担举证责任。这可能需要提供财务报表、审计报告等证据。
三、特殊情形的处理
法院依职权调取证据：
- 在行政协议案件中，如果涉及国家利益、社会公共利益的认定，人民法院可能会依职权调取相关证据，而不完全依赖于原、被告提供的证据。
当事人或执法人员到庭接受询问：
- 如果人民法院认为有必要时，也可以要求当事人本人或者行政机关执法人员到庭，就案件有关事实接受询问，并进一步明确各方当事人的举证范围。
四、举证不能的后果
- 根据“谁主张、谁举证”的原则，如果一方无法提供充分的证据来支持自己的主张，那么该方将承担举证不能的不利后果。在行政诉讼中，这通常意味着原告可能会败诉，除非被告也无法证明其行为合法或符合约定。
举例说明：
假设某行政机关与某企业签订了一份土地出让协议，后企业认为该协议因违反法律强制性规定而无效，遂向法院提起诉讼。在此情况下：
- 企业（原告）需举证证明协议存在无效事由，如提供法律条文、相关案例等证据。
- 行政机关（被告）则需举证证明其签订协议的行为合法，如提供土地出让的审批文件、规划许可等证据。
- 若双方都无法提供充分证据，法院可能会依职权调取相关证据或要求双方当事人到庭接受询问。
总结与建议：
在行政协议无效的举证责任分配上，双方当事人均需根据自身主张承担相应的举证责任。行政机关因其更强的举证能力，通常承担更多的举证责任；而行政相对人虽举证能力较弱，但也需积极准备并提交相关证据以支持自己的主张。在实际操作中，建议当事人根据自身情况和法律规定，积极收集并整理相关证据，必要时可寻求专业律师的帮助以确保案件的公正审理和自身合法权益的维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。