结论前置：征收部门一般不可以仅凭房屋转让合同中写了“不含土地”就认定房屋所有权人不明。以下从不同角度进行分析：

从合同内容与物权法原理角度

1. 合同约定与物权归属的区分：房屋转让合同中“不含土地”的约定，主要涉及的是土地使用权的归属问题，而非房屋所有权的归属。根据《中华人民共和国民法典》中物权编的相关规定，房屋所有权和土地使用权是可以分离的（在特定情况下，如房地一体原则下的特殊处理除外，但本题不涉及该特殊情形讨论）。房屋作为独立的物，其所有权的转移通常以房屋转让合同的约定以及相关登记手续的完成为依据。只要房屋转让合同是双方真实意思表示，不存在无效情形，且完成了房屋所有权的过户登记，那么房屋的所有权就应当归属于合同约定的受让人，征收部门不能仅因合同中“不含土地”的表述就否定房屋所有权的明确归属。
2. 物权公示公信原则：物权具有公示公信原则，即不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。在房屋所有权转让中，经过登记的房屋所有权证书是房屋所有权归属的重要证明。如果房屋已经依法办理了所有权过户登记，那么受让人就是房屋的合法所有权人，征收部门应当以登记为准认定房屋所有权人，而不能仅依据合同中的某一条款来认定所有权人不明。

从征收部门认定职责与程序角度

1. 征收部门的职责：征收部门在征收过程中，有职责对被征收房屋的权属情况进行调查核实。但这种调查核实应当是基于全面、客观的证据和事实，而不能仅凭合同中的某一表述就轻易认定房屋所有权人不明。征收部门应当要求房屋所有权人提供相关的产权证明文件，如房屋所有权证书、购房合同、付款凭证等，以综合判断房屋的所有权归属。
2. 认定程序要求：如果征收部门认为房屋所有权人不明，应当按照法定的程序进行认定。例如，可以发布公告，要求相关权利人在一定期限内申报权利；在公告期满后，根据申报情况进行调查核实，并作出相应的认定决定。而不能在没有经过充分调查和法定程序的情况下，仅凭合同中的“不含土地”表述就认定房屋所有权人不明。

特殊情况分析

如果房屋转让合同存在瑕疵，例如合同签订时双方存在欺诈、胁迫等情形，导致合同无效或者可撤销，或者房屋所有权证书存在伪造、变造等情况，那么可能会影响房屋所有权的归属认定。但在这种情况下，征收部门也不能直接认定房屋所有权人不明，而应当通过法律途径，如提起民事诉讼等，由法院对合同的效力和房屋所有权的归属作出判决后，再依据判决结果进行认定。

法律建议：如果征收部门仅凭房屋转让合同中“不含土地”的表述就认定房屋所有权人不明，房屋所有权人可以采取以下措施：

1. 与征收部门进行沟通协商，向征收部门提供房屋所有权证书等相关产权证明文件，说明房屋所有权的归属情况。
2. 如果沟通协商无果，可以向上一级行政机关申请行政复议，要求撤销征收部门的不当认定。
3. 也可以直接向人民法院提起行政诉讼，请求法院判决撤销征收部门的不当认定，并确认房屋的所有权归属。

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