保密协议中要求独家代加工的条款，在符合法律规定和双方真实意愿的情况下，是合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律背景与依据

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权按照自己的意愿依法设立、变更、终止民事法律关系。这意味着，只要双方当事人在平等、自愿的基础上，就保密协议中的独家代加工条款达成一致，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该条款就是有效的。

2. 保密协议的性质：保密协议通常属于民事合同的一种，其目的是保护商业秘密或其他需要保密的信息。独家代加工条款作为保密协议的一部分，如果其目的是为了更好地保护这些保密信息，防止其泄露给竞争对手或未经授权的第三方，那么这样的条款在法律上是受到保护的。

合法性判断的关键因素

1. 双方真实意愿：独家代加工条款必须基于双方的真实意愿达成。如果一方是在被欺诈、胁迫或重大误解的情况下签订的保密协议，那么该条款可能因缺乏真实意愿而无效。

2. 条款内容合法性：独家代加工条款的内容必须合法，不能违反法律、行政法规的强制性规定。例如，如果条款中要求代加工方承担不合理的责任或义务，或者限制了代加工方的正当竞争权利，那么这样的条款可能因违法而无效。

3. 不损害公共利益：独家代加工条款不得损害社会公共利益。如果条款的实施会导致市场垄断、不公平竞争或其他损害公共利益的情况，那么该条款可能因违反公序良俗而无效。

实际操作中的建议

1. 明确条款内容：在签订保密协议时，双方应明确独家代加工的具体范围、期限、责任和义务等条款内容，以避免后续产生纠纷。

2. 考虑公平性：独家代加工条款应体现公平原则，确保双方的权利和义务相对平衡。如果一方承担过多的责任或义务，而另一方则享受过多的权利或利益，那么这样的条款可能因不公平而无效。

3. 寻求法律意见：在签订保密协议前，双方可以寻求专业律师的法律意见，以确保协议的合法性和有效性。律师可以对条款进行审查，提出修改建议，并帮助双方更好地理解协议的法律后果。

可能的法律后果

如果保密协议中的独家代加工条款被认定为无效或可撤销，那么双方可能需要重新协商签订新的协议，或者根据原协议的约定和法律规定承担相应的法律责任。例如，如果因条款无效导致一方遭受损失，那么受损方有权要求违约方承担赔偿责任。

总结来说，保密协议中要求独家代加工的条款在符合法律规定和双方真实意愿的情况下是合法的。但为了确保协议的合法性和有效性，双方在签订前应仔细审查条款内容，考虑公平性原则，并寻求专业律师的法律意见。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的建议，可以直接向我咨询。