在破产重整程序中，企业申诉的被告选择需根据申诉的具体内容和阶段来确定，一般而言，可能以企业本身或管理人为被告，具体分析如下：
以企业本身为被告的情况：
- 申诉内容与企业实体权利相关：若申诉的内容主要涉及企业本身的实体权利，如债权债务关系、合同纠纷等，且这些纠纷并不直接涉及管理人的职责或行为，那么企业本身作为诉讼主体是合适的。例如，企业可能对其在破产重整前的某笔债务提出异议，此时应将企业本身列为被告。
- 企业作为诉讼主体的合法性：在破产重整期间，企业并未丧失其法律人格，仍具有诉讼主体资格。因此，在涉及企业实体权利的申诉中，企业本身作为被告是符合法律规定的。
以管理人为被告的情况：
- 申诉内容与管理人职责或行为相关：若申诉的内容主要涉及管理人在破产重整过程中的职责履行或行为，如管理人未依法履行职责、管理人处置财产不当等，那么应将管理人列为被告。例如，债权人可能认为管理人在处置企业资产时存在违法行为，损害了其利益，此时应将管理人列为被告。
- 管理人作为诉讼主体的特殊性：在破产重整程序中，管理人代表企业处理破产事务，其行为在法律上视为企业的行为。但当管理人的行为涉嫌违法或损害他人利益时，为了保障诉讼的公正性和效率，法律允许将管理人单独列为被告。
法律建议：
- 明确申诉内容：在提起申诉前，应明确申诉的具体内容，判断其是涉及企业实体权利还是管理人职责或行为，从而确定合适的被告。
- 咨询专业律师：由于破产重整程序涉及复杂的法律关系和程序规定，建议在提起申诉前咨询专业律师，以确保诉讼的合法性和有效性。
- 准备充分证据：无论选择以企业本身还是管理人为被告，都应准备充分的证据来支持自己的申诉主张，以提高诉讼的成功率。
可能的法律后果：
- 若选择被告不当：可能导致诉讼被驳回或判决不利，从而浪费诉讼资源和时间。
- 若证据不足：即使选择了合适的被告，也可能因证据不足而败诉，无法维护自己的合法权益。
综上所述，在破产重整程序中，企业申诉的被告选择需根据申诉的具体内容和阶段来确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。