事业单位协商解除合同，员工通常是有权获得赔偿的，但具体赔偿情况需根据解除合同的情形和双方协商的结果来确定。以下从不同角度为您详细分析：
一、协商解除合同的基本原则
在事业单位与员工协商解除合同的情况下，双方应遵循平等自愿、协商一致的原则。这意味着，解除合同的决定应是双方共同作出的，且任何一方都不得强迫对方接受不合理的条件。在协商过程中，双方应就解除合同后的经济补偿等事项进行充分沟通，并达成一致意见。
二、经济补偿的法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。经济补偿的标准通常按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
三、特殊情况下的经济补偿
事业单位编制内员工：对于事业单位编制内的员工，如果双方协商解除合同，且解除合同的原因并非员工个人过错，那么员工通常有权获得经济补偿。经济补偿的具体数额和支付方式应由双方协商确定，但不得低于法定标准。
事业单位非编制员工：对于事业单位的非编制员工，如果双方协商解除合同，同样应遵循《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。非编制员工在解除合同后也有权获得经济补偿，具体数额和支付方式同样应由双方协商确定。
员工存在过错的情况：如果员工在解除合同前存在严重违反单位规章制度、严重失职、营私舞弊等过错行为，导致单位遭受重大损失的，单位在协商解除合同时可能无需支付经济补偿。但这一情况需要单位提供充分证据证明员工的过错行为及其造成的损失。
四、协商解除合同的流程
双方协商：事业单位与员工应就解除合同的事宜进行充分协商，包括解除合同的原因、时间、经济补偿等事项。
签订协议：双方协商一致后，应签订书面解除合同协议，明确双方的权利和义务。
办理手续：根据协议约定，双方应办理相关手续，如工作交接、社保转移等。
支付经济补偿：事业单位应按照协议约定向员工支付经济补偿。
五、建议与注意事项
保留证据：在协商解除合同的过程中，双方应保留好相关证据，如协商记录、解除合同协议等，以备不时之需。
咨询专业意见：如果双方在协商过程中存在分歧或争议，建议咨询专业律师或劳动仲裁机构的意见，以确保双方的权益得到保障。
注意时效性：如果双方无法就解除合同的事宜达成一致意见，员工可以在法定期限内向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
如果您在事业单位协商解除合同的过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。