结论：甲方恶意压缩工期导致施工单位无法如期完工，并以此扣减工程款的行为，通常是不合法的。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同条款的合法性分析
合同自由原则与公平原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在订立合同时应当遵循公平原则，合理确定各方的权利和义务。甲方恶意压缩工期，可能构成对施工单位合法权益的侵害，违反了公平原则。
- 如果合同中明确约定了工期，但甲方单方面要求缩短工期且未给予合理补偿，这种条款可能因显失公平而被认定为无效或可撤销。
工期变更的合法程序：
- 工期的变更通常需要双方协商一致，并签订书面变更协议。如果甲方未经施工单位同意，单方面要求缩短工期，并以此扣减工程款，这种行为缺乏合法依据。
二、工程款扣减的合法性分析
工程款支付的条件：
- 工程款的支付通常与工程的完成情况、质量验收等条件相关联。如果施工单位因甲方恶意压缩工期而无法如期完工，但工程本身质量符合要求，甲方无权仅因工期延误而扣减工程款。
- 如果合同中明确约定了工期延误的违约金或赔偿条款，甲方可以依据合同约定要求施工单位承担相应责任，但这并不等同于可以直接扣减工程款。
扣减工程款的合法程序：
- 即使施工单位存在工期延误等违约行为，甲方扣减工程款也需要遵循合法程序，如发出书面通知、给予施工单位合理的申辩机会等。未经合法程序擅自扣减工程款，可能构成违法。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果甲方恶意压缩工期并扣减工程款，施工单位可以依法向法院提起诉讼或申请仲裁，要求甲方支付被扣减的工程款及可能产生的利息、违约金等。
- 同时，甲方还可能因违反合同约定和法律规定而承担其他法律责任，如赔偿施工单位因此遭受的损失等。
建议：
- 对于施工单位而言，在签订合同时应明确约定工期、工程款支付条件等关键条款，并保留好相关证据材料。
- 在遇到甲方恶意压缩工期并扣减工程款的情况时，应及时与甲方沟通协商，寻求解决方案；如协商无果，可依法向法院提起诉讼或申请仲裁以维护自身合法权益。
总结：甲方恶意压缩工期导致施工单位无法如期完工，并以此扣减工程款的行为通常是不合法的。施工单位在遇到此类情况时，应依法维护自身权益，必要时可寻求专业法律帮助。如果你有进一步的法律问题或需要具体的法律建议，可以直接向我咨询。