在综合单价包干合同中，预算包干费是否单独计算，主要取决于合同的具体约定。以下是对此问题的详细分析：
一、合同约定优先
明确约定：如果合同中明确规定了预算包干费是否包含在综合单价中，或者是否单独计算，那么应当按照合同的约定执行。这是合同自由原则的体现，也是解决合同纠纷的首要依据。
条款解释：如果合同中的相关条款存在歧义或不明确，那么需要根据合同的上下文、交易习惯以及诚实信用原则进行解释。在这种情况下，可能需要借助专业的法律解释或咨询来明确条款的含义。
二、预算包干费的性质
定义与范围：预算包干费通常指的是在合同签订时，双方约定的用于覆盖一定范围内不可预见费用的款项。这些费用可能包括但不限于设计变更、材料价格波动、工程量增减等。
与综合单价的关系：在综合单价包干合同中，综合单价通常已经包含了完成一定工程量所需的所有费用，包括直接费、间接费、利润和税金等。如果预算包干费是作为对综合单价的一种补充或调整，那么它可能单独计算；如果它已经被包含在综合单价中，那么就不应再单独计算。
三、实际操作中的考虑
合同审查：在签订综合单价包干合同时，双方应仔细审查合同条款，特别是关于预算包干费的部分，确保条款的明确性和无歧义性。
协商与沟通：如果在合同履行过程中出现关于预算包干费是否单独计算的争议，双方应首先通过协商和沟通来解决。这有助于维护双方的合作关系，并避免不必要的法律纠纷。
法律途径：如果协商和沟通无法解决问题，那么双方可以考虑通过法律途径来解决争议。在这种情况下，专业的法律咨询和诉讼服务将变得尤为重要。
四、建议
明确条款：在签订合同时，建议双方明确约定预算包干费是否包含在综合单价中，或者是否单独计算，并明确其计算方式和支付条件。
保留证据：在合同履行过程中，双方应妥善保留与预算包干费相关的所有证据和文件，以便在出现争议时能够提供有力的支持。
及时咨询：如果在合同履行过程中遇到任何法律问题或争议，建议及时咨询专业律师，以便获得专业的法律意见和帮助。
总结来说，在综合单价包干合同中，预算包干费是否单独计算取决于合同的具体约定。因此，在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，并明确约定相关事项，以避免后续的法律纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。