在结算书中，预算包干费是否需要单独列明，需根据合同约定、行业惯例及项目具体情况综合判断，具体分析如下：

1. 合同有明确约定时
   若合同中已明确约定预算包干费的计算方式、支付条件或列支要求（例如约定“包干费按工程总价的X%计取，结算时单独列项”），则必须严格按合同条款执行，在结算书中单独列明该费用。否则可能构成违约，导致结算争议或审计风险。

2. 合同未明确约定时

   • 行业惯例角度：若项目属于政府投资工程或采用标准合同文本（如《建设工程施工合同（示范文本）》），包干费通常需单独列项，以便审计部门或发包方核验费用合理性。
     
   • 费用性质角度：若包干费属于固定总价的一部分（如“措施项目包干费”），且合同约定“总价包干、不予调整”，则无需单独列明，但需在结算书中备注说明该费用已包含在总价中。
     
   • 争议预防角度：为避免结算纠纷，建议即使合同未明确要求，也应在结算书中以“备注”或“专项说明”形式披露包干费的计算依据及金额，体现结算透明性。

3. 特殊情形处理

   • 包干费与变更签证重叠时：若包干费范围已涵盖某项变更内容（如临时设施费包干），但实际发生变更且合同允许调整，需在结算书中区分“包干部分”与“调整部分”，避免重复计费。
     
   • 审计要求冲突时：若审计机构要求单独列明包干费，但合同无约定，可与发包方协商补充协议，或通过“结算书附件”形式提供费用明细，满足审计合规性。

实务建议：

• 签订合同时，明确包干费的列支方式（单独列项或并入总价），减少结算歧义。
  
• 结算书编制阶段，结合项目特点选择列支方式，并附计算依据（如包干费包含的具体子项）。
  
• 若遇争议，以合同条款为核心，结合行业惯例及公平原则主张权利。
  

如有进一步疑问，可提供合同条款或项目背景，我将结合具体情形为您分析。