副院长被停职后的处理方式需结合具体原因、单位性质及法律规定综合判断，以下是分情况说明：

1. 若停职因涉嫌违纪违法（如贪污、渎职等）

   • 调查阶段：停职期间通常由纪检监察机关或上级主管部门介入调查，需配合提供材料、接受询问。根据《公职人员政务处分法》第32条，停职期限一般不超过6个月，特殊情况可延长但需批准。
     
   • 处理结果：
     
     • 若查实违纪违法，可能面临警告、记过、降级、撤职、开除等政务处分（《政务处分法》第7条）；
       
     • 若涉嫌犯罪，将移送司法机关追究刑事责任（《刑事诉讼法》第110条）。
       
   • 权利保障：被调查人有权申辩、申请复核（《政务处分法》第55条），单位需在1个月内书面答复。

2. 若停职因工作失误或管理问题（如决策失误、团队管理不善）

   • 内部处理：单位可能依据《事业单位工作人员处分暂行规定》或内部规章制度，给予警告、记过、降低岗位等级等处分，期限分别为6个月、12个月、24个月（《处分规定》第6-7条）。
     
   • 复职条件：若停职期间表现良好或问题整改到位，单位可酌情恢复职务；若未达要求，可能延长停职或调整岗位。

3. 若停职程序违法或处理不当

   • 申诉途径：被停职者可向单位上级主管部门或同级纪检监察机关申诉（《政务处分法》第55条），要求撤销或变更处理决定。
     
   • 诉讼救济：若认为停职侵犯合法权益（如程序违法、证据不足），可依法提起行政诉讼（《行政诉讼法》第12条），但需注意公职人员处分诉讼的特殊性（如需先申诉复核）。

关键提醒：

• 停职不等于定罪，需区分行政处分与刑事责任；
  
• 处理过程中保留书面证据（如停职通知、调查材料），以便后续维权；
  
• 若对处理结果有异议，建议及时咨询专业律师分析具体案情。
  

如有进一步细节（如停职原因、单位性质等），可补充说明后为您深入分析。