结论前置：拖欠农民工工资超过两年，是否还能起诉需根据具体情况判断。若存在仲裁时效中断、中止或劳动关系存续等特殊情况，农民工仍有可能通过法律途径维护自身权益。不过，农民工应尽早采取措施，并妥善保留证据。以下是对此问题的详细分析：
一、法律时效规定
诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，从农民工知道或应当知道其工资被拖欠之日起，三年内可向人民法院提起诉讼。但自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
仲裁时效：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年，自当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 但若存在时效中断（如农民工向用人单位主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者用人单位同意履行义务）或时效中止（如因不可抗力或者其他正当理由无法申请仲裁）的情形，仲裁时效可重新计算或中止计算。
- 特别地，劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，农民工申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制；但劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
二、特殊情况下的起诉权利
劳动关系存续：
- 如果农民工与用人单位之间的劳动关系仍然存续，那么农民工申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制。即使拖欠工资已超过两年，农民工仍有权向劳动仲裁机构申请仲裁，并在对仲裁结果不服时向法院提起诉讼。
时效中断或中止：
- 如果在诉讼时效期间内，农民工向用人单位主张了权利，或者向有关部门请求了权利救济，或者用人单位同意履行义务，那么诉讼时效将中断并重新计算。
- 如果因不可抗力或其他正当理由（如重大疾病、自然灾害等）导致农民工无法行使请求权，那么诉讼时效将中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
三、起诉前的准备与注意事项
劳动仲裁前置程序：
- 劳动纠纷实行仲裁前置程序，即必须先经过劳动仲裁，对仲裁结果不服的，才能在规定时间内向人民法院提起诉讼。
证据的收集与保留：
- 农民工在起诉或申请仲裁前，应全面收集和保留能够证明劳动关系存在以及用人单位拖欠工资事实的证据，包括但不限于劳动合同、工资条、考勤记录、工作证、同事证言以及与用人单位负责人关于工资问题的沟通记录（如聊天记录、电话录音）等。
协商与投诉：
- 即使超过诉讼时效，农民工仍可与用人单位协商解决拖欠工资问题。若协商不成，还可以向劳动监察部门投诉，以寻求行政部门的帮助和支持。
四、建议与总结
- 尽早主张权利：农民工在发现工资被拖欠后，应尽早采取措施主张权利，如向用人单位提出异议、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等。
- 妥善保留证据：证据是维权的关键。农民工应妥善保留与劳动关系和工资拖欠相关的所有证据，以便在需要时提供证明。
- 了解法律法规：熟悉相关的法律法规和程序要求，对于维护自身合法权益至关重要。农民工可以通过阅读法律书籍、咨询法律专业人士或参加法律培训等方式来增强自己的法律意识。
综上所述，拖欠农民工工资超过两年是否还能起诉，取决于具体的法律情况和证据支持。农民工在发现工资被拖欠后，应尽早采取措施主张权利，并妥善保留相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。