自由职业者有流水但未纳税，申请误工费时一般可按实际收入流水作为计算依据，但需结合具体情况综合判断，以下分情况详细说明：

1. 有证据证明流水与收入直接相关
   若自由职业者能提供完整的银行流水、交易记录、合同等材料，证明流水金额确为实际收入（如服务费、稿酬、劳务报酬等），且无其他非法收入来源，法院或调解机构通常会认可该流水作为误工费计算基数。此时，误工费=实际流水金额÷合理工作天数×误工天数。
   例如：自由设计师提供过去6个月的银行流水（显示每月稳定收入2万元）及设计合同，证明其月收入为2万元，因事故误工1个月，则误工费可主张2万元。

2. 流水金额明显高于行业平均水平但无纳税记录
   若流水金额显著高于同行业平均收入，且未纳税，可能面临以下处理：

   • 法院酌情调整：法院可能参考行业平均收入、地区经济水平等因素，对流水金额进行合理性审查，并酌情调整误工费标准。
     
   • 补缴税款后主张：若自由职业者能补缴相应税款并取得完税证明，可增强流水金额的合法性，提高被采纳的概率。
     例如：自由职业者月流水10万元，但行业平均收入为3万元，且无纳税记录，法院可能认定其合理收入为5万元（结合行业水平与流水真实性），并以此计算误工费。

3. 无法证明流水与收入直接相关
   若自由职业者仅提供流水，但无法证明流水金额与实际收入的关系（如流水包含非收入款项、资金往来复杂等），法院可能不予采信，转而参考以下标准：

   • 行业平均收入：参考统计局或行业协会发布的同行业平均收入数据。
     
   • 地区最低工资标准：在无法确定行业收入时，可能以当地最低工资标准为底线计算误工费。
     例如：自由职业者提供流水但无法解释资金来源，法院可能参考当地服务业平均收入（如每月8000元）计算误工费。

建议：

• 自由职业者应尽量保留完整的收入证明材料（如合同、发票、银行流水等），即使未纳税，也可通过其他证据证明收入真实性。
  
• 若涉及诉讼，可委托律师协助收集证据、论证收入合理性，以提高误工费主张的成功率。
  
• 长期从事自由职业的，建议定期申报纳税，避免因未纳税导致收入证明效力降低。
  

如有进一步疑问或需具体案例分析，可直接向我咨询。