当职工患有抑郁症时，公司应当采取合理、合法且人性化的方式来对待。以下是一些具体的建议和处理方式：

一、合法合规，尊重权益

1. 不得随意辞退：根据劳动法律，用人单位不得因职工患有抑郁症而随意辞退。抑郁症属于精神健康问题，受到相关法律的保护。如案例中马某的情况，公司因其抑郁症而解除劳动合同被法院判定为违法，需支付赔偿金。

2. 医疗期保护：职工因抑郁症需要休病假时，公司应按照法律规定给予医疗期，并在医疗期内支付相应的病假工资或医疗补助费。医疗期的具体长度根据职工的工龄和司龄来确定。

二、人性化关怀，提供支持

1. 理解与接纳：公司应理解抑郁症是一种疾病，而非职工的个人选择或弱点。对职工表现出接纳和关怀的态度，有助于减轻职工的心理压力。

2. 灵活工作安排：在可能的情况下，公司可以为患有抑郁症的职工提供灵活的工作安排，如调整工作时间、减轻工作负担或提供远程工作等，以帮助职工更好地平衡工作与治疗。

3. 提供心理支持：公司可以鼓励职工寻求专业的心理咨询或治疗，并提供必要的支持，如推荐心理咨询机构、提供心理咨询服务费用补贴等。

三、合理管理，维护秩序

1. 请假制度：公司应建立完善的请假制度，要求职工在休病假时提供真实的医疗证明，并按照规定流程进行请假申请和审批。这有助于确保职工的合法权益得到保障，同时维护公司的正常运营秩序。

2. 诚信原则：虽然公司应给予职工充分的关怀和支持，但职工也应遵守诚信原则。如案例中S先生的情况，他在休病假期间隐瞒公司就读硕士研究生的行为违反了诚实信用原则，最终被公司开除并需退还超额薪酬。这提醒职工在享受公司关怀的同时，也要履行自己的义务和责任。

四、案例启示

1. 公司应谨慎处理：在处理患有抑郁症的职工时，公司应谨慎行事，确保自己的行为合法合规且人性化。避免因为处理不当而引发劳动争议或法律纠纷。

2. 职工应积极沟通：职工在患有抑郁症时，应积极与公司沟通自己的情况和需求，以便公司能够提供更好的支持和帮助。同时，职工也应遵守公司的规章制度和诚信原则，共同维护良好的劳动关系。

概括起来，当职工患有抑郁症时，公司应采取合法合规、人性化关怀、合理管理的方式对待职工，确保职工的合法权益得到保障的同时维护公司的正常运营秩序。