在处理商铺租赁过程中的纠纷时，您可以根据纠纷的性质、合同内容以及相关法律法规，选择以下合适的部门和途径进行解决：
一、协商与调解
双方自行协商
- 适用情况：当双方对纠纷有明确的认知，且愿意通过友好沟通来解决问题时，自行协商是最直接且成本最低的方式。
- 处理方式：双方可以就租金调整、维修责任分担、合同解除等具体问题进行直接沟通，寻求共识，并达成和解协议。
第三方调解
- 人民调解委员会：如果协商未果，您可以向当地的人民调解委员会申请调解。调解委员会会组织双方进行协商，并依据情理法结合的原则，促成双方达成和解协议。
- 行业协会或商会：对于涉及行业规范的纠纷，您可以向所在行业协会或商会申请调解。这些机构通常具有丰富的行业知识和市场规则经验，能够提供更专业的调解服务。
- 消费者协会：如果纠纷涉及消费者权益保护，您也可以向消费者协会寻求帮助。消协可以提供咨询和建议，协助您维护自身权益。
- 街道办事处：对于社区内的商铺租赁纠纷，街道办事处也是一个不错的调解选择。他们贴近社区，了解当地情况，处理基层纠纷经验丰富。
二、行政部门介入
房地产管理部门
- 适用情况：涉及租赁合同登记备案、政策咨询、房屋结构安全、违规改造等问题的纠纷。
- 处理方式：您可以向当地的房地产管理部门投诉或申请调解。房管部门会依据相关政策法规进行调查核实，并作出调解或处理决定。
市场监督管理部门
- 适用情况：合同纠纷中涉及虚假广告、价格欺诈、营业执照、经营范围等工商问题的纠纷。
- 处理方式：向市场监督管理部门反映情况，并提供相关证据。市场监管部门会依法进行调查处理，维护市场秩序和消费者权益。
住房和城乡建设部门（住建局）
- 适用情况：主要涉及房屋结构安全、违规改造或租赁备案等问题的纠纷。
- 处理方式：您可以向住建局举报违规行为，住建局会责令相关方进行整改或处罚，确保房屋安全和使用合规。
三、法律手段
仲裁
- 适用情况：如果租赁合同中约定了仲裁条款，或者双方事后达成了仲裁协议，那么您可以选择仲裁作为解决纠纷的方式。
- 处理方式：向约定的仲裁机构提交仲裁申请，并按照法定程序进行审理和裁决。仲裁结果具有法律约束力，且一裁终局，效率较高。
诉讼
- 适用情况：如果未约定仲裁或仲裁无法解决纠纷，那么您可以选择向法院提起民事诉讼。
- 处理方式：向法院递交起诉状和证据材料，经立案、审理后作出判决。法院判决具有权威性和强制执行力，是解决纠纷的最后一道防线。
总结与建议
在处理商铺租赁纠纷时，我建议您首先尝试双方协商和第三方调解的方式，以降低成本和维持合作关系。如果协商无果，您可以根据纠纷性质选择合适的行政部门介入或采取法律手段。在整个过程中，请保持冷静理性，保留好相关证据，并必要时寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到有效维护。