个人占用集体土地种植玉米45年，属于未经批准非法占用土地的行为，需根据具体情况承担相应法律责任，并可能面临土地返还、行政处罚甚至刑事追责，具体处理方式需结合土地性质、占用程序及当前政策综合判断。以下从法律定性、责任承担、处理程序三个维度展开分析：
一、法律定性：非法占用土地行为明确
根据《土地管理法》第二条第三款及第四十四条，任何单位或个人使用土地必须依法申请并经批准，未经批准擅自占用集体土地属于违法行为。即使占用时间长达45年，也不能改变行为的违法性，且可能因“长期占用”加重责任（如行政处罚中的“从重情节”）。
关键点：土地性质（耕地/建设用地/未利用地）直接影响责任类型。若占用的是耕地（尤其是基本农田），还可能触犯《刑法》第三百四十二条非法占用农用地罪（需造成“耕地大量毁坏”）。
二、责任承担：行政、民事、刑事三重可能
行政责任：
- 土地返还：集体组织有权要求返还土地（《土地管理法》第七十七条），若占用者拒不返还，集体可向法院提起民事诉讼或申请行政强制执行。
- 罚款：县级以上自然资源主管部门可责令限期改正，并处非法占用土地每平方米100元以上1000元以下罚款（《土地管理法实施条例》第五十七条）。
- 拆除/没收：若占用土地上建有建筑物、构筑物，可能面临限期拆除或没收（同上条）。
民事责任：
- 赔偿损失：集体组织可要求占用者赔偿土地被占用期间的收益损失（如租金、农作物收益等），需通过民事诉讼主张。
刑事责任（需满足特定条件）：
- 若占用的是耕地，且“数量较大”（如基本农田5亩以上、其他耕地10亩以上）并造成“耕地大量毁坏”（如硬化、挖塘养鱼等导致种植条件严重破坏），可能构成非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金（《刑法》第三百四十二条）。
三、处理程序：分阶段应对建议
自查阶段：
- 确认土地性质（可通过当地自然资源局查询土地规划图）、占用程序（是否曾申请但未获批、是否签订过临时用地协议等）、土地现状（是否改变用途、是否建有永久性建筑）。
- 若占用者是集体成员（如村民），需核查是否符合“一户一宅”等特殊政策（但种植玉米通常不涉及宅基地，此情形较少）。
协商阶段：
- 若占用者愿意配合，可与集体组织协商返还土地、补缴土地使用费（如有约定）或签订新的合法用地协议（如承包、租赁）。
- 注意：协商需留存书面证据（如协议、付款凭证），避免后续纠纷。
行政/司法阶段：
- 若协商无果，集体组织可向乡镇政府或县级自然资源部门举报，由行政部门立案查处（行政程序）。
- 若占用者拒不履行行政处罚决定，行政部门可申请法院强制执行；集体组织也可直接提起民事诉讼要求返还土地、赔偿损失（司法程序）。
- 若涉嫌刑事犯罪，公安机关将介入调查，占用者可能面临刑事追责。
特殊情形提示
- 历史遗留问题：若占用行为发生在《土地管理法》实施前（1987年1月1日），且占用时符合当时政策（如“四荒地”开发），可能适用“从旧兼从轻”原则，但需具体分析。
- 善意取得抗辩：若占用者长期公开使用土地且集体组织未提出异议，可能构成“事实上的土地承包关系”，但需满足“合理期限内无争议”等条件（司法实践中认定严格，建议勿依赖）。
建议行动：立即停止非法占用行为，主动与集体组织沟通，必要时委托律师协助核查土地性质、整理证据链，通过合法途径化解纠纷。若涉及刑事风险，需尽快咨询律师评估案件走向。