结论：施工单位乙方和建筑公司甲方签合同，但由商贸公司付款，乙方开票给商贸公司，这种操作是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 合同相对性原则角度：

   • 根据合同相对性原则，合同是特定主体之间设立、变更、终止民事关系的协议。在本案例中，合同是施工单位乙方和建筑公司甲方之间签订的，因此，从合同法律关系上讲，付款义务应当由建筑公司甲方承担，发票也应当开具给建筑公司甲方。
   • 如果商贸公司并非合同当事人，却直接付款给乙方，并要求乙方开具发票给商贸公司，这在一定程度上突破了合同相对性原则。但这种操作并不必然违法，关键在于是否得到了合同双方（即乙方和甲方）的同意，以及是否符合相关税收和财务规定。

2. 税收和财务规定角度：

   • 从税收和财务的角度来看，发票的开具应当与实际的经济业务相符。如果商贸公司实际支付了款项，且乙方与商贸公司之间存在真实的交易关系（尽管这种交易关系可能并非基于直接的合同关系），那么乙方开具发票给商贸公司，在符合税收和财务规定的前提下，是可以被接受的。
   • 然而，如果这种操作是为了逃避税收、进行资金转移或其他非法目的，那么就可能构成违法行为。例如，如果商贸公司并非真正的付款方，而是作为“过桥”方来帮助甲方逃避税收或进行其他非法操作，那么这种行为就可能受到法律的制裁。

3. 实际操作建议：

   • 为了避免潜在的法律风险，建议乙方在收到商贸公司的付款并开具发票前，先与甲方进行沟通，确认这种操作是否符合甲方的意愿和合同约定。
   • 同时，乙方也应当确保与商贸公司之间的交易关系是真实的、合法的，并保留好相关的交易凭证和证据，以备不时之需。
   • 如果可能的话，乙方还可以考虑在合同中增加相关条款，明确约定在特定情况下（如甲方委托商贸公司付款）的发票开具和付款方式，以减少未来的纠纷和风险。

可能后果：

• 如果这种操作符合合同双方的真实意愿、合同约定以及相关税收和财务规定，那么通常不会产生法律后果。
• 如果这种操作违反了合同约定、税收和财务规定或存在其他非法目的，那么乙方可能面临法律责任，包括但不限于补缴税款、罚款、承担违约责任等。

进一步思考：

• 在实际操作中，类似的情况可能并不少见。为了避免潜在的法律风险，建议各方在签订合同时就明确约定付款方式和发票开具方式，并在合同履行过程中保持沟通，确保所有操作都符合合同约定和相关法律法规的规定。
• 如果遇到复杂或不确定的情况，建议及时咨询专业律师或相关税务、财务专家，以获取更具体、更专业的建议。

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