在您已经处理完事故、签字认定书并赔偿了对方车辆后，驾驶本和行驶本仍被扣留，这通常不是正常流程，但可能存在几种特殊情况。以下是我为您详细分析的可能原因及应对建议：
可能原因
事故调查未完全结束：
- 尽管您已经赔偿了对方车辆，但如果事故调查尚未完全结束，特别是如果事故涉及人员伤亡或存在其他复杂情况，交警部门可能会继续扣留您的驾驶本和行驶本，以便进一步调查。
存在其他违法行为：
- 如果在事故中，除了车辆损坏外，还存在其他违法行为，如酒驾、毒驾、超速等，交警部门可能会根据相关法律法规，继续扣留您的证件，并可能对您进行进一步的处罚。
证件扣留作为担保：
- 在某些情况下，交警部门可能会扣留您的驾驶本和行驶本作为担保，以确保您能够履行后续的赔偿或处罚义务。然而，这种情况通常会在您完成所有赔偿和处罚后，及时返还证件。
行政程序或系统延迟：
- 有时候，由于行政程序或系统的原因，证件的返还可能会有所延迟。这可能是由于内部流程繁琐、信息传递不畅或系统故障等原因造成的。
应对建议
联系交警部门：
- 首先，建议您直接联系处理该事故的交警部门，了解证件被扣留的具体原因。他们应该能够提供最准确的信息，并告知您何时以及如何取回您的证件。
提供必要证明：
- 如果交警部门要求您提供额外的证明或文件，以证明您已经完成了所有赔偿和处罚义务，请积极配合并提供所需材料。这可能包括赔偿协议、收据、处罚决定书等。
了解相关法律法规：
- 您可以查阅相关的交通法规，了解在事故处理完毕后，交警部门扣留证件的合法性和期限。这有助于您更好地了解自己的权益，并在必要时采取法律行动。
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，交警部门在事故处理完毕后，应当及时返还被扣留的证件。如果交警部门无正当理由继续扣留您的证件，您有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
寻求法律援助：
- 如果您认为交警部门的扣留行为不合法或存在滥用职权的情况，您可以考虑寻求法律援助。一位专业的交通律师可以帮助您评估情况，提供法律建议，并代表您与交警部门进行沟通或采取法律行动。
最后，我建议您保持冷静和耐心，积极与交警部门沟通，并了解自己的权益和义务。如果您在取回证件的过程中遇到任何困难或疑问，随时都可以向我咨询，我会尽力为您提供帮助。