核心结论：若房子为两人共有但只登记在一人名下，双方可通过签订书面协议明确产权归属、出资情况、权利义务等内容，以保障各自权益。以下从协议类型、协议内容、注意事项三个角度详细说明：

1. 协议类型选择

• 共有协议：若双方明确约定房屋为共同共有或按份共有（如按出资比例），可签订《房屋共有协议》。例如，甲出资70%、乙出资30%，则协议中需写明“房屋按份共有，甲占70%，乙占30%”，并约定收益分配（如租金）、处分规则（如出售需双方同意）等。
• 借名买房协议：若一方因限购、贷款等政策原因，借用另一方名义购房，需签订《借名买房协议》。协议中需明确“实际出资人为XX，名义产权人为XX，房屋实际归属XX所有”，并约定过户条件（如政策允许时）、费用承担等。
• 赠与协议（谨慎使用）：若一方自愿将部分产权赠与另一方，需签订《赠与协议》并办理公证，但赠与在产权过户前可撤销（除公证或具有公益性质外），需谨慎选择。

2. 协议核心内容

• 产权归属：明确房屋实际归属（共同共有/按份共有/归一方所有），避免模糊表述。例如：“房屋虽登记在A名下，但实际为A、B按份共有，各占50%”。
• 出资情况：列明双方出资比例、方式（如首付、贷款、装修等），并约定贷款偿还责任。例如：“B负责偿还全部房贷，A以装修款折抵20%产权”。
• 权利义务：约定房屋使用、收益（如租金）、处分（如出售、抵押）的规则。例如：“出售房屋需双方书面同意，收益按出资比例分配”。
• 违约责任：明确一方违约的赔偿方式（如违约金、损失计算标准），增强协议约束力。例如：“若一方擅自出售房屋，需赔偿另一方房屋市场价20%的违约金”。
• 争议解决：约定纠纷解决方式（如诉讼/仲裁），并指定管辖法院或仲裁机构。

3. 注意事项

• 书面形式：协议必须书面签订，口头约定无效。建议双方签字并按手印，必要时可公证。
• 登记备案：若为按份共有，可到不动产登记中心办理“共有权证”，将协议内容外化，增强对抗第三人效力。
• 贷款影响：若房屋有贷款，需征得银行同意变更还款人或抵押人，否则可能影响协议效力。
• 税务合规：若涉及赠与、买卖等行为，需按税法规定缴纳契税、个人所得税等，避免偷逃税款。
• 家庭关系：若双方为夫妻或亲属，需结合《民法典》婚姻家庭编规定，避免协议与法定财产制冲突。例如，夫妻约定财产制需书面，且不得对抗善意第三人。

示例条款（以共有协议为例）：
“甲方与乙方共同出资购买位于XX的房屋（产权证号：XX），虽登记在甲方名下，但实际为双方按份共有，甲方占60%，乙方占40%。房屋贷款由甲方偿还，乙方以支付装修款XX元折抵其产权份额。未经双方书面同意，任何一方不得擅自处分房屋。若一方违约，需赔偿另一方实际损失及房屋增值部分。”

建议：协议签订前，双方可携带房产证、出资凭证等材料，共同咨询律师审核条款，确保合法有效。若涉及复杂情况（如涉外、公司购房等），需进一步结合具体场景设计协议。