在刑事案件中追缴上来的税款，其处理方式主要依据相关法律法规的规定，核心原则是确保税款能够及时、准确地归入国库，同时保障纳税人的合法权益。具体处理方式可以从以下几个角度进行详细阐述：

1. 归入国库：

   • 根据《中华人民共和国刑法》及相关税收法律法规，刑事案件中追缴的税款，一旦确认其性质为应纳税款，应当直接归入国库。这是税款追缴的基本原则，旨在维护国家税收的严肃性和权威性。
   • 追缴过程中，税务机关会与司法机关密切合作，确保税款的准确计算和及时上缴。这包括核对税款金额、确认税款性质、办理税款入库手续等。

2. 纳税人权益保护：

   • 在追缴税款的过程中，也必须充分保障纳税人的合法权益。如果纳税人认为追缴的税款存在争议，有权依法提出申诉或行政复议，甚至通过法律途径解决争议。
   • 税务机关在追缴税款时，应当遵循法定程序，确保纳税人的陈述权、申辩权等得到充分行使。同时，对于因追缴税款而给纳税人造成的合理损失，也应当依法给予补偿。

3. 追缴税款的后续处理：

   • 追缴上来的税款，除了归入国库外，还可能涉及其他后续处理。例如，如果追缴的税款与特定的税收违法行为相关，税务机关可能会根据违法行为的性质和情节，对纳税人进行相应的税务处罚，如罚款、加收滞纳金等。
   • 此外，如果追缴的税款涉及跨地区、跨部门的税收问题，税务机关还需要与其他相关部门进行协调，确保税款的合理分配和有效使用。

4. 特殊情况的处理：

   • 在某些特殊情况下，如纳税人破产、逃匿等，追缴税款可能会面临一定的困难。此时，税务机关可以依法采取财产保全、强制执行等措施，确保税款的追缴不受影响。
   • 同时，对于涉及税收犯罪的刑事案件，司法机关在判决时也会考虑税款的追缴情况，作为量刑的一个参考因素。

总结来说，刑事案件中追缴上来的税款，应当归入国库，并充分保障纳税人的合法权益。在处理过程中，税务机关和司法机关需要密切合作，遵循法定程序，确保税款的准确计算和及时上缴。如果遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。