如果单位在办理工伤认定书时超期了，确实会带来一些不利的影响，但您仍然有途径可以申请工伤认定，以保障自己的合法权益。
首先，我们要明确的是，按照《工伤保险条例》的规定，职工发生工伤后，单位应当在事故发生之日起30日内，向所在区的人社部门提出工伤认定申请。这是单位的主体责任，必须按时履行。如果单位因为特殊情况无法按时申请，需要经过社会保险行政部门的同意，申请时限才可以适当延长。
然而，如果单位确实拖延了时间，没有在规定的30日内提出申请，那么在此期间发生的医疗费用报销等可能会受到影响。但好消息是，即使单位没有按时申请，工伤职工或者其近亲属、工会组织仍然有权在事故发生之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区的社会保险行政部门提出工伤认定申请。
因此，针对您的情况，我建议您：
尽快与单位沟通：了解单位为何拖延申请工伤认定，并要求单位尽快补办申请手续。如果单位愿意配合，那么这是最快捷的解决方式。
自行申请工伤认定：如果单位拒绝配合或者拖延时间过长，您可以作为工伤职工本人，或者委托近亲属、工会组织，在事故发生之日起1年内，直接向当地的社会保险行政部门提出工伤认定申请。在申请时，您需要提供相关的证据材料，如工伤事故报告、医疗证明等，以证明您的工伤事实和受伤程度。
保留好相关证据：在等待工伤认定结果的过程中，您需要保留好所有与工伤相关的证据材料，如医疗费用发票、诊断证明、工伤事故现场照片等。这些证据材料将在后续的医疗费用报销、伤残等级鉴定等环节中发挥重要作用。
咨询专业律师或法律援助机构：如果您在申请工伤认定的过程中遇到任何困难或疑问，可以咨询专业的律师或法律援助机构，以获取更详细的法律指导和帮助。
总之，即使单位在办理工伤认定书时超期了，您仍然有权自行申请工伤认定，并保障自己的合法权益。希望以上解答能够对您有所帮助。