收回国有土地使用权补偿协议的甲方通常是作出收回土地使用权决定的行政机关，一般是市、县级人民政府或其指定的土地管理部门。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从法律规定角度 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，国家为了公共利益的需要，可以依法收回国有土地使用权。而作出收回决定的主体往往是市、县级人民政府，在签订补偿协议时，为了便于操作和履行职责，有时会指定其土地管理部门作为具体签订协议的一方。例如，某市为了进行城市基础设施建设，需要收回某企业使用的国有土地，此时该市人民政府可以决定收回土地，并由市国土资源局作为甲方与企业签订收回国有土地使用权补偿协议。

2. 从实际操作角度 在实际的土地收回补偿工作中，市、县级人民政府作为宏观决策和管理的主体，可能由于工作繁忙、事务众多等原因，将具体的补偿协议签订工作授权给土地管理部门。土地管理部门具有专业的土地管理知识和经验，能够更好地处理补偿协议中的各项条款，如土地价值的评估、补偿标准的确定等。同时，土地管理部门作为政府的职能部门，其行为也代表着政府的意志，能够保证补偿协议的合法性和有效性。

3. 特殊情况角度 在某些特殊情况下，如果收回国有土地使用权是为了实施特定的项目，且该项目有专门的管理机构或指挥部，那么该管理机构或指挥部也可能作为甲方签订补偿协议。例如，某地区为了举办大型体育赛事，成立了赛事筹备指挥部，负责赛事场馆及相关配套设施的建设，其中包括收回部分国有土地使用权。在这种情况下，赛事筹备指挥部可能会作为甲方与土地使用权人签订补偿协议。但这种情况相对较少，且需要有明确的法律授权或政府文件依据。