集体土地补偿协议的主体主要包括征收方和被征收方两大类，具体如下：
一、征收方（甲方）
县级以上地方人民政府
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第四十七条，国家征收土地的，依照法定程序批准后，由县级以上地方人民政府予以公告并组织实施。这明确了县级以上地方人民政府作为征收主体的法定地位。
- 角色定位：作为征收行为的实施主体，负责依法开展土地征收工作，包括发布征收公告、确定征收范围、制定补偿方案，并与被征收人协商并签订补偿协议。
政府授权或指定的机构
- 特殊情况说明：在部分情况下，政府可能委托土地储备中心、开发区管委会等机构具体执行征收事务。但需注意，这些机构的法律责任仍由政府承担，它们只是作为政府的代理人或执行者参与征收工作。
二、被征收方（乙方）
农村集体经济组织
- 法律依据：根据《民法典》《农村土地承包法》等规定，农村集体经济组织代表成员行使土地所有权权益。在集体土地被征收时，农村集体经济组织作为土地的所有权人，有权与征收方协商补偿标准。
- 权利范围：农村集体经济组织可以就土地所有权灭失、集体资产损失等事项与征收方进行协商，确保集体利益得到合理保障。
土地承包经营权人/实际使用人
- 法律依据：根据《土地管理法实施条例》第二十六条，地上附着物及青苗补偿费归所有者所有。这意味着，土地上的附着物（如房屋、树木等）和青苗的补偿费应直接支付给其所有者。
- 涵盖对象：这包括通过家庭承包、流转等方式取得土地使用权的农户，以及种植户、养殖户等实际经营者。他们作为土地的实际使用人，有权就土地使用权的收回及相关补偿事宜与征收方进行协商。
- 特殊情形处理：若存在土地权属争议或流转合同未明确补偿归属，需通过确权程序或司法途径解决。这确保了补偿的公平性和合理性，避免了因权属不清而引发的纠纷。
三、签订协议时的注意事项
- 明确主体地位和权利义务：在签订集体土地补偿协议时，双方应明确各自的主体地位和权利义务关系。这有助于避免后续产生纠纷，确保协议的顺利执行。
- 了解补偿标准和政策：被征收方应充分了解相关的补偿标准和政策规定，以便在协商过程中争取到合理的补偿。这要求被征收方在签订协议前，对当地的补偿政策进行充分的研究和了解。
- 协商一致：协议的签订应基于双方的协商一致。任何一方不得强迫对方接受不公平的条款，确保协议的公平性和合法性。
- 合法性审查：在签订协议前，建议双方对协议的合法性进行审查。这包括审查协议内容是否符合法律法规和政策要求，以及协议条款是否明确、具体、无歧义等。
总结来说，集体土地补偿协议的主体涉及征收方和被征收方两大类，双方应明确各自的主体地位和权利义务关系，确保协议的合法性和有效性。在签订协议时，双方应充分了解相关法律法规和政策规定，遵循协商一致的原则，确保协议的公平性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。