结论前置：您在辞职时写了个人原因，但公司克扣加班费是事实，这种情况下能否拿到补偿金，主要取决于您能否证明公司存在违法行为且该行为是导致您离职的真正原因。
详细分析如下：
离职原因与经济补偿的关系：
- 通常情况下，如果员工主动辞职，并在离职申请中明确写明是个人原因，那么根据《劳动合同法》的相关规定，员工可能无法获得经济补偿。这是因为经济补偿往往与“非员工本人意愿离职”或“公司存在过错导致员工离职”等情形相关联。
公司克扣加班费的事实：
- 公司克扣加班费属于违法行为，根据《劳动合同法》第三十八条的规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同，并有权要求用人单位支付经济补偿。
- 在这种情况下，即使您在离职申请中写了个人原因，但如果您能提供证据证明公司确实存在克扣加班费的行为，并且这一行为是导致您离职的真正原因，那么您仍然有权要求公司支付经济补偿。
如何证明公司存在过错：
- 您需要收集相关证据来证明公司克扣加班费的事实，如工资条、考勤记录、加班记录、与公司的沟通记录等。
- 这些证据应该能够清晰地显示您的加班时间、应得的加班费以及公司实际支付的加班费之间的差异。
可能的法律后果：
- 如果您能成功证明公司存在克扣加班费的行为，并且这一行为是导致您离职的真正原因，那么您有权要求公司支付经济补偿。经济补偿的计算通常依据您在公司的工作年限和月工资水平来确定。
- 如果公司拒绝支付经济补偿，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
建议：
- 收集证据：尽快收集并整理好能够证明公司克扣加班费的证据，这是后续维权的关键。
- 与公司协商：在掌握充分证据的基础上，您可以尝试与公司进行协商，要求公司支付应得的加班费和经济补偿。
- 寻求法律援助：如果协商无果，您可以考虑向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。在这个过程中，如果您需要专业的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。
示例说明：
假设您在公司工作了3年，月工资为5000元。由于公司长期克扣您的加班费，您决定离职。在离职申请中，您虽然写了个人原因，但实际上是因为公司克扣加班费而离职。如果您能提供充分的证据证明这一点，那么您有权要求公司支付3个月工资作为经济补偿（即5000元×3个月=15000元）。同时，您还可以要求公司支付被克扣的加班费及其相应的利息或赔偿。