在法院审理案件的过程中，如果发现存在违法行为，法院会根据违法行为的性质、范围以及案件的具体类型，采取相应的处理措施。以下是一个详细且分步骤的解答：
一、明确违法行为的性质与范围
初步判断：
- 法院会首先审查案件中的证据材料，确认是否存在违反法律法规的明确事实。例如，在合同纠纷中，可能会发现伪造签名或虚构交易记录的情况；在行政处罚案件中，当事人可能存在超许可范围经营的行为。
法律定性：
- 依据具体的法律条文，法院会确定违法行为的类型，如民事欺诈、行政违规或刑事犯罪。同时，需要区分程序性违法（如逾期举证）与实体性违法（如虚假陈述）。
二、分类处理措施
（一）民事诉讼/仲裁中发现违法行为
伪造证据：
- 法院会驳回相关伪造的证据，并根据情节的严重程度，对当事人处以罚款、拘留，甚至追究刑事责任。例如，依据《民事诉讼法》第114条，对伪造证据的当事人可以处以罚款。
恶意诉讼：
- 如果法院认定当事人存在恶意诉讼的行为，会判决驳回其诉讼请求，并要求其赔偿对方因此遭受的损失。这通常依据《民法典》中关于侵权责任的规定。
虚假调解：
- 对于虚假调解的行为，法院会依法进行制裁，并可能重新审理案件。这依据的是《最高人民法院关于防范和制裁虚假诉讼的指导意见》。
（二）行政诉讼中发现违法行为
被告行政行为违法：
- 如果法院认定被告的行政行为违法，会判决撤销或部分撤销该行政行为，并可能责令被告重新作出行政行为，同时明确合法性要求。这依据的是《行政诉讼法》第70条。
原告滥用诉权：
- 如果原告存在滥用诉权的行为，如虚构事实提起行政诉讼，法院会参照民事诉讼的规则进行处理，并可能追究其法律责任。
（三）刑事诉讼中发现关联违法行为
发现漏罪或新犯罪事实：
- 如果法院在刑事诉讼中发现存在漏罪或新的犯罪事实，会依据《刑事诉讼法》第290条的规定，将案件移送侦查机关进行进一步调查。
发现其他人员涉案：
- 如果法院发现还有其他人员涉案，会建议检察机关补充侦查或另行立案。
三、程序保障与救济机制
权利告知义务：
- 法院有义务向当事人释明违法行为的后果以及可能的救济途径。例如，在行政处罚听证程序中，法院会告知当事人享有陈述申辩的权利。
证据固定与保全：
- 为了防止违法证据的灭失或篡改，法院会通过公证、司法鉴定等方式对证据进行固定和保全。
层级监督机制：
- 上级法院可以通过提审、指令再审等方式纠正下级法院的错误处理。例如，二审法院可以改判一审法院的错误认定。
四、特殊情形处理要点
违法行为涉及第三方权益：
- 如果违法行为涉及第三方的权益，如行政许可申请人提供虚假材料导致他人受损，法院会通知利害关系人参与程序，以保障其合法权益。
法律适用冲突：
- 当新旧法规交替或部门规章之间存在矛盾时，法院会优先适用上位法或特别法。这依据的是《立法法》第92条的规定。
跨境违法行为：
- 对于涉外案件中的跨境违法行为，法院需要考虑国际条约的适用以及司法协助程序。例如，通过海牙取证公约获取境外的证据。
综上所述，法院在审理案件时发现违法行为，会根据违法行为的性质、范围以及案件的具体类型，采取相应的处理措施，并确保程序的公正性和合法性。