结论：在起诉书没有认定犯罪所得的情况下，公诉意见书中是可以提出没收犯罪所得的意见的，但需满足一定条件并遵循法定程序。

分析说明：

1. 公诉意见书的作用与内容：

   • 公诉意见书是检察机关在法庭审理过程中，就案件事实、证据、法律适用及量刑建议等发表的综合意见。它不仅是对起诉书的补充和深化，也是检察机关行使公诉权的重要方式。
   • 在公诉意见书中，检察机关可以进一步阐述犯罪事实、证据情况，并对法律适用提出具体意见，包括是否应没收犯罪所得等。

2. 起诉书与公诉意见书的关系：

   • 起诉书是检察机关提起公诉的正式文件，主要载明被告人的基本信息、犯罪事实、证据及法律依据等，是启动刑事诉讼程序的基础。
   • 公诉意见书则是在法庭审理过程中发表的，它不受起诉书内容的严格限制，可以根据庭审情况、证据变化及法律适用等作出相应调整。

3. 提出没收犯罪所得意见的条件：

   • 证据充分：检察机关需有充分证据证明犯罪所得的存在及其与犯罪行为的关联性。这包括犯罪所得的来源、性质、数量及去向等。
   • 法律适用正确：检察机关需依据相关法律规定，正确判断犯罪所得是否应予以没收。例如，根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。
   • 程序合法：检察机关在提出没收犯罪所得意见时，需遵循法定程序，如确保被告人及其辩护人的知情权、参与权等。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 及时沟通：在庭审前或庭审过程中，检察机关应与法院、被告人及其辩护人进行充分沟通，就没收犯罪所得的意见进行协商和讨论。
   • 充分举证：在法庭审理过程中，检察机关应充分举证，证明犯罪所得的存在及其与犯罪行为的关联性，以支持其没收犯罪所得的意见。
   • 尊重法院判决：最终是否没收犯罪所得，由法院根据事实和法律作出判决。检察机关应尊重法院的判决结果，并依法履行监督职责。

法律建议：

• 如果您作为检察机关工作人员，在起诉书未认定犯罪所得但认为有必要在公诉意见书中提出没收意见时，请确保有充分证据支持，并遵循法定程序。
• 如果您作为被告人或辩护人，对检察机关提出的没收犯罪所得意见有异议，请及时提出并充分举证反驳，以维护自身合法权益。

后续行动：

• 在实际操作中，如遇到复杂情况或疑问，建议及时咨询专业律师或法律机构，以确保法律程序的正确性和合法性。
• 如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为您提供专业、全面的法律服务。