没收违法所得意见书通常由负责侦查或调查的机关提出，如公安机关、国家安全机关或监察机关。以下是对此问题的详细解答：
一、一般情况
在刑事案件中，如果犯罪嫌疑人逃匿或死亡，且其财产需要被没收，那么负责侦查或调查的机关会制作没收违法所得意见书，并移送人民检察院进行审查。人民检察院在审查后，如果认为符合法律规定的条件，会向人民法院提出没收违法所得的申请。
二、特殊情形
监察机关提出：
- 在监察体制改革后，监察机关成为追逃追赃案件的主办机关。对于贪污贿赂、失职渎职等职务犯罪案件，如果被调查人逃匿在通缉一年后不能到案，或者死亡，监察机关有权提请人民检察院依照法定程序，向人民法院提出没收违法所得的申请。此时，监察机关会出具《没收违法所得意见书》。
公安机关提出：
- 在侦查阶段，公安机关如果发现犯罪嫌疑人逃匿、死亡，且其财产需要被没收，可以制作没收违法所得意见书，并移送同级人民检察院进行审查。但需要注意的是，公安机关并不直接执行没收违法所得的决定，而是提出意见并移送检察机关审查决定。
三、法律程序
- 侦查或调查阶段：负责侦查或调查的机关制作没收违法所得意见书，并连同案卷材料、证据等一并移送人民检察院。
- 审查阶段：人民检察院对移送的没收违法所得意见书及相关证据材料进行审查，如果认为符合法律规定的条件，会向人民法院提出没收违法所得的申请。
- 审理阶段：人民法院受理没收违法所得的申请后，会发出公告，通知犯罪嫌疑人、被告人的近亲属和其他利害关系人，并告知他们有权申请参加诉讼。最终，人民法院会根据审理情况作出是否没收违法所得的裁定。
综上所述，没收违法所得意见书通常由负责侦查或调查的机关提出，并经过人民检察院的审查和人民法院的审理程序。如果你对此类问题有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。