合同被取消且已退款的情况下，印花税一般是不予退还的，但在特定条件下可以申请退还或抵缴。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况：不予退还
根据《中华人民共和国印花税法》及相关规定，印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证（如合同）所征收的一种税。其纳税义务通常在应税凭证书立或领受时即产生，也就是说，只要合同已经签订，无论后续合同是否履行、变更或取消，已缴纳的印花税通常是不予退还的。这是因为印花税的征收注重的是应税行为的发生，即合同的签订，而非合同的最终履行结果。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份购销合同，并按照合同金额缴纳了印花税。后来，由于市场变化或其他原因，双方协商取消了合同，并退还了已支付的款项。但在此情况下，已缴纳的印花税是不会因为合同的取消而退还的。
二、特殊情况：可退还或抵缴
尽管一般情况下不予退还，但也存在特殊情况下可以申请退还或抵缴印花税的情形：
金额变更：如果应税合同、产权转移书据所列的金额与实际结算金额不一致，并且已经变更了应税凭证所列金额，那么对于减少部分的金额，纳税人可以向税务机关申请退还或者抵缴印花税。
增值税税款计算错误：如果应税凭证列明的增值税税款计算错误导致计税依据减少或增加，调整后计税依据减少的，纳税人同样可以向税务机关申请退还或者抵缴印花税。
合同未履行且应税凭证被注销或废止：在某些特定情况下，如合同因政策调整、自然灾害等原因无法继续履行并被相关部门认可，且应税凭证被注销或废止，纳税人也可以向税务机关申请退税。但这种情况需要提供相关的证明材料，并按照税务机关的规定进行办理。
三、实务操作建议
了解政策：在合同签订前，应充分了解印花税的相关规定，以便合理规划税收成本。
及时沟通：若合同取消后涉及印花税退还问题，应及时与当地主管税务机关沟通，了解准确的政策和办理流程。
准备材料：根据税务机关的要求，准备并提交必要的证明材料，如合同变更或取消的证明、已缴纳印花税的凭证等。
合理规划：在合同签订和履行过程中，应充分考虑可能涉及的税收风险，合理规划税务事务，以避免不必要的经济损失。
综上所述，合同被取消且已退款的情况下，印花税是否能退还需要根据具体情况来判断。在一般情况下，已缴纳的印花税是不予退还的；但在特定条件下，如合同金额变更、增值税税款计算错误或合同未履行且应税凭证被注销等情形下，纳税人可以向税务机关申请退还或抵缴印花税。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。