关于“超过追诉期的违法怎么处理”这一问题，这确实是一个涉及刑事诉讼中追诉时效制度的重要法律问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、追诉期限的基本概念

追诉期限，是刑法中规定对犯罪人进行刑事追究的有效期限。这个期限是根据犯罪的法定最高刑来确定的，一旦超过这个期限，原则上就不能再对犯罪人进行刑事追究。例如，《中华人民共和国刑法》第八十七条就明确规定了不同法定最高刑对应的追诉期限，从五年到二十年不等，甚至对于某些特别严重的犯罪，如果二十年后认为必须追诉，还需报请最高人民检察院核准。

二、超过追诉期限的一般处理原则

1. 司法机关的处理：

   • 当公安机关、人民检察院、人民法院在立案审查或审判阶段发现犯罪已过追诉时效期限时，它们会依法作出不立案、不起诉或终止审理的决定。这是为了严格遵循法律规定，保障法律秩序和当事人的合法权益。

2. 对犯罪嫌疑人的影响：

   • 检察机关不得再对犯罪嫌疑人提起公诉，法院也不能主动追究其刑事责任，即不能对其定罪判刑。
   • 如果案件已经受理但尚未判决，且发现已超过追诉期限，法院应当裁定终止审理。当然，如果能够确认被告人无罪，法院应当判决宣告被告人无罪。

三、超过追诉期限的特殊情况处理

1. 逃避侦查或审判的情况：

   • 如果在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，犯罪嫌疑人逃避侦查或者审判，那么将不受追诉期限的限制。这意味着，即使时间过去了很久，只要犯罪嫌疑人一直在逃避法律制裁，司法机关仍然有权对其进行追诉。

2. 被害人控告而未立案的情况：

   • 如果被害人在追诉期限内提出控告，而人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的，同样不受追诉期限的限制。这是为了保护被害人的合法权益，确保他们能够在法律框架内寻求正义。

3. 特定情况下的继续追诉：

   • 在某些特定情况下，如社会危害特别严重或长期逃避法律制裁的情况，如果认为有必要继续追诉，可以经过最高人民检察院的核准，继续对犯罪嫌疑人进行刑事追究。这体现了法律在维护社会秩序和公共利益方面的灵活性。

四、关于违法所得的处理

即使案件超过追诉期限，对于违法所得的处理仍然是一个重要问题。违法所得是指通过非法手段获得的财物或利益，它们并不因为案件超过追诉期限而合法化。司法机关仍有权根据法律规定对违法所得进行追缴，并上缴国库或返还给被害人或合法所有人。如果违法所得已无法追缴（如已被消耗、转移或灭失），司法机关可能需要根据具体情况作出相应处理，如要求当事人承担一定的民事赔偿责任。

综上所述，当案件超过追诉期限时，一般原则是不能再对犯罪嫌疑人进行刑事追究。但在特定情况下，如逃避侦查、审判或经最高人民检察院核准，仍可能对犯罪嫌疑人进行刑事追究。同时，对于违法所得的处理也是依法进行的，不因其超过追诉期限而免于追缴。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要更详细的法律咨询，请随时咨询专业律师。