当行政行为被确认违法后，其处理方式是一个涉及多个层面的复杂过程，旨在维护法律的权威与公正，同时保障公民、法人及其他组织的合法权益。以下是对这一问题的详细解答：
一、对行政行为本身的处理
撤销或部分撤销：
- 若行政行为存在主要证据不足、适用法律错误、违反法定程序、超越职权、滥用职权等情形，法院有权判决撤销或部分撤销该行政行为。撤销后，该行政行为自始无效，行政机关需重新作出合法行政行为。
- 例如，若行政机关在作出行政处罚决定时未进行充分的调查取证，导致主要证据不足，法院可判决撤销该处罚决定。
责令履行职责：
- 对于行政机关不履行法定职责的违法行为，法院将判令其在规定期限内履行相应职责。
- 例如，若行政机关无正当理由拖延办理许可证，法院可判决其限期办理。
确认违法但不撤销：
- 在特定情况下，如撤销行政行为将严重损害国家利益或社会公共利益，或行政行为程序轻微违法但对原告权利无实际影响时，法院将确认行政行为违法，但不予撤销。
- 例如，某行政机关拆除违法建筑时未按照法定程序提前通知当事人，但该建筑确实属于违法且必须拆除，此时撤销拆除行为可能会使公共利益受损，法院可判决确认该拆除行为违法，但不予撤销。
责令采取补救措施：
- 除直接撤销外，法院还可责令行政机关采取补救措施以纠正违法行为带来的后果，如变更或重新作出具体行政行为等。
二、对当事人损失的赔偿
行政赔偿：
- 若行政行为违法给当事人造成损害，当事人有权向作出违法行为的行政机关提出赔偿请求。
- 赔偿方式包括支付赔偿金、返还财产、恢复原状等，以确保受害人的合法权益得到恢复。
赔偿程序：
- 赔偿请求应先向赔偿义务机关提出，后者应在两个月内作出是否赔偿的决定。
- 若逾期未作决定或当事人对决定不服，可向人民法院提起行政赔偿诉讼。
三、对责任人员的处理
- 行政行为被确认违法后，相关行政机关应对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分，情节严重者可能面临刑事处罚。
- 这一处理旨在体现对违法行为的惩戒和震慑作用，确保行政机关及其工作人员依法履行职责。
四、当事人的救济途径
上诉：
- 当事人对一审判决不服的，有权在判决书送达之日起十五日内向上一级人民法院提起上诉。
- 例如，行政机关认为一审法院判决其行政行为违法有误，可在规定期限内向上一级法院提出上诉，请求二审法院重新审理案件。
申诉：
- 当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为确有错误的，可以向上一级人民法院申请再审，但不停止判决、裁定的执行。
- 例如，当事人在判决生效后发现新的证据，足以推翻原判决，就可以向法院提出申诉，请求启动再审程序。
综上所述，行政行为被确认违法后的处理方式多样且灵活，需根据具体情形综合考虑各种因素后作出决定。在处理过程中，应严格遵循法律规定，确保处理结果既合法又合理，最大限度地保障公民的合法权益和社会公共利益的实现。