当员工提交被迫离职申请时，公司应当采取一系列严谨且合法的措施来处理这一问题。以下是我为您详细梳理的处理流程和相关注意事项：

一、确认被迫离职的合法性

首先，公司需要仔细审查员工提出的被迫离职理由，确认其是否符合《劳动合同法》第三十八条所规定的情形。这些情形包括但不限于：

1. 未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
2. 未及时足额支付劳动报酬的；
3. 未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
4. 用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
5. 因欺诈、胁迫或乘人之危导致劳动合同无效的；
6. 用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利，致使劳动合同无效的；
7. 用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的；
8. 用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的。

如果员工提出的理由符合上述情形之一，那么其被迫离职的申请在法律上是站得住脚的。

二、与员工进行沟通协商

在确认员工被迫离职的合法性后，公司应主动与员工进行沟通协商，了解其具体诉求和离职原因。通过沟通，公司可以尝试解决员工提出的问题，以挽留员工或达成双方都能接受的离职协议。

三、支付经济补偿

如果员工确实因公司违法用工情形而被迫离职，根据《劳动合同法》的相关规定，公司应当向员工支付经济补偿。经济补偿的标准按照劳动者在本单位工作的年限来计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

四、办理离职手续

在支付经济补偿后，公司应协助员工办理离职手续，包括但不限于工作交接、社保转移、档案转移等。同时，公司应确保员工的离职过程合法合规，避免出现任何法律纠纷。

五、收集并保存相关证据

在整个处理过程中，公司应收集并保存与员工被迫离职相关的所有证据，如劳动合同、工资支付记录、公司规章制度、沟通协商记录等。这些证据在后续可能出现的劳动争议仲裁或诉讼中具有重要的证明作用。

六、寻求法律支持

如果公司在处理员工被迫离职申请过程中遇到任何法律问题或困惑，建议及时寻求专业法律支持或咨询劳动争议仲裁委员会等相关机构，以确保公司的处理行为合法合规。

综上所述，当员工提交被迫离职申请时，公司应认真对待、积极沟通、依法处理，以确保双方的权益得到妥善保障。