在劳动仲裁中，分公司劳动仲裁是否由总公司负责，需根据分公司的法律地位、实际责任能力以及与劳动者的具体关系来判断。以下是对这一问题的详细分析：
一、分公司具备独立用工权且依法登记的情形
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条，依法取得营业执照或者登记证书的分支机构，可以作为用人单位与劳动者订立劳动合同。
实际情况：
- 若分公司具备独立用工权，且以自身名义与劳动者签订劳动合同、独立进行工资发放、考勤管理等，那么分公司即具有独立的劳动用工管理能力。
- 在此情况下，若发生劳动争议，劳动者可以直接将分公司列为被申请人提起劳动仲裁，分公司有能力承担相应的法律责任。
二、分公司无独立用工权或虽具备但无力承担责任的情形
分公司未依法取得营业执照或登记证书：
- 在此情况下，分公司通常不具备独立的用人主体资格。
- 劳动者应将总公司列为被申请人，因为总公司作为法人实体，应对其分支机构的用工行为负责。
分公司虽有执照但无法承担责任：
- 即使分公司取得了营业执照，但在实际运营中可能因资金不足等原因无法承担法律责任。
- 此时，劳动者可以将总公司列为共同被申请人，要求总公司对分公司的债务承担补充清偿责任。这是因为分公司作为总公司的分支机构，其民事责任最终由总公司承担。
三、特殊情况下的处理
分公司与总公司存在高度混同：
- 有些公司可能采取“一套人马，两块牌子”的运营方式，导致分公司和总公司在人员、财务等方面存在高度混同。
- 在这种情况下，如果分公司无法独立承担责任，劳动者可以考虑将总公司作为共同被申请人或者连带责任方提起劳动仲裁。
为确保权益最大化，可考虑将两者列为共同被申请人：
- 为了最大程度保障自身权益，避免在仲裁或诉讼过程中因主体问题导致权益难以实现，劳动者在决定告分公司还是总公司时，可以综合考虑以上因素。
- 在必要时，将分公司和总公司列为共同被申请人是一种稳妥的选择，这样无论最终判定由谁承担责任，劳动者的权益都能得到更有效的保障。
四、操作建议
- 在提起劳动仲裁前，劳动者应仔细审查分公司的法律地位及其与自身的劳动关系，以确定正确的被申请人。
- 收集相关证据材料，如劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录等，以明确实际的用工主体和责任承担主体。
- 如遇复杂情况或不确定如何操作，可以直接向我咨询，以便更好地维护自身合法权益。
综上所述，分公司劳动仲裁是否由总公司负责，需根据具体情况进行灵活判断。通过仔细审查劳动合同、工资发放记录、社保缴纳记录等证据材料，并结合公司的实际运营情况，劳动者可以做出更为明智的决策。