结论前置：在一般情况下，因管辖权异议被驳回的，已交纳的管辖异议案件受理费是不会退还的。但若案件同时被驳回起诉，则已交纳的诉讼费用（包括管辖异议的受理费）应当全额退还。

法律背景与费用性质理解

1. 诉讼费用与管辖异议费用：

   • 诉讼费用是原告在案件受理时预交的费用，旨在保障诉讼的正常进行和法院的审判活动。
   • 管辖异议费用是当事人提出案件管辖权异议时需缴纳的费用。根据《诉讼费用交纳办法》第十三条第（六）项的规定，当事人提出案件管辖权异议，如果异议不成立，每件需要交纳50元至100元的受理费。这一费用是当事人行使其诉讼权利的成本，若其主张未得到支持，则应承担相应的诉讼成本。

2. 管辖异议被驳回的法律后果：

   • 当当事人提出的管辖权异议被法院驳回时，表明法院认为该案应由其管辖，诉讼程序将继续进行。
   • 根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，对不予受理、驳回起诉和管辖权异议裁定不服而提起上诉的案件，以及驳回管辖权异议的案件，均不属于不交纳案件受理费的范畴。因此，管辖异议被驳回后，已交纳的管辖异议案件受理费通常不会退还。

3. 司法资源的投入与不退还的原因：

   • 法院在审理管辖权异议时，需要投入司法资源进行调查、分析和裁决。
   • 即使管辖权异议被驳回，法院也已为此付出了相应的司法资源，因此已交纳的费用通常不予退还。

特殊情况下的退费规定

然而，也存在一种特殊情况，即当管辖异议被驳回的同时，案件也被整体驳回起诉。在这种情况下，根据《诉讼费用交纳办法》第八条的规定，当事人已经交纳的诉讼费用（包括管辖异议的受理费）应当全额退还。这是因为，案件整体被驳回起诉意味着诉讼程序并未实质性启动，因此当事人无需承担诉讼费用。

实际操作建议

• 确认案件情况：在实际操作中，如果当事人遇到管辖异议被驳回的情况，首先应确认案件是否被同时驳回起诉。如果是，则有权要求退还已经交纳的诉讼费用。
• 了解退费流程：退费流程可能因地区和法院的具体规定而有所不同。当事人应与主办法官联系，了解具体的退费流程和所需材料。通常，退费可能需要主办法官的签字同意，甚至可能需要主管副院长的签字。此外，还应确认财务室的工作时间和联系方式，并准备好身份证、缴费票据、裁定书等必要材料前往办理。
• 及时咨询与跟进：如果当事人对退费流程或所需材料有疑问，应及时向法院咨询并跟进退费进展，以确保自己的权益得到保障。

综上所述，因管辖权异议被驳回的，在一般情况下已交纳的管辖异议案件受理费是不会退还的。但若案件同时被驳回起诉，则当事人有权要求退还已经交纳的诉讼费用。在实际操作中，当事人应根据具体情况与法院沟通并遵循相应的退费流程。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。