行政处罚超过90天后仍有可能进行处罚，但具体是否处罚以及处罚的程度需根据法律规定和案件具体情况来判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一般情况下的处罚时效：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。这里的“发现”指的是行政机关发现违法行为线索的时间，而非作出处罚决定的时间。对于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为，上述追诉时效期限延长至五年。法律还允许其他特别法规定更长的追诉时效。因此，只要违法行为在规定时效内被发现，即便超过90天，行政机关仍有权依法作出处罚决定。
市场监管领域的特殊规定：
- 在市场监管领域，如《市场监督管理行政处罚程序规定》明确，市场监督管理部门办理普通程序案件，一般应当自立案之日起九十日内作出行政处罚决定。但这并非绝对，如果案件情况复杂或存在特殊情况，经相关程序批准，可以延长办案期限。延长期限的具体规定因法规而异，可能包括延长三十日或更长时间，甚至由相关部门负责人集体讨论决定是否继续延期，并确定延长的合理期限。
实际操作中的考虑因素：
- 除了法律规定的时效和办案期限外，实际操作中还需要考虑证据的保存和获取难度、违法行为的性质和严重程度等因素。这些因素可能影响行政机关是否决定进行处罚以及处罚的轻重。例如，如果证据确凿且违法行为严重危害社会公共利益，即使超过90天，行政机关也可能依法作出严厉的处罚决定。
法律建议：
- 如果您面临市场监管局立案后超过90天仍未作出行政处罚决定的情况，首先不要慌张，这并不意味着您一定不会受到处罚。
- 您可以主动与市场监管局沟通，了解案件进展和可能的处罚决定，同时准备好相关证据和材料以应对可能的处罚。
- 如果您对处罚决定有异议，可以在收到处罚决定书之日起六十日内向上一级市场监督管理部门或者本级人民政府申请行政复议，也可以在六个月内直接向人民法院提起行政诉讼。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。