公安机关半夜12点敲门询问是否合法，需分情况讨论：
合法情形：
- 紧急情况：若公安机关在办理刑事案件过程中，遇到紧急情况，如正在追捕犯罪嫌疑人、需要立即收集证据以防止证据灭失、或者存在其他可能严重危害公共安全或个人安全的紧急情形，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，公安机关有权在夜间进行必要的调查活动，包括敲门询问。这种情况下，公安机关的行为是合法的。
- 法定程序：如果公安机关在敲门询问前，已经依法取得了相关的法律文书，如搜查证、传唤证等，并且这些法律文书明确允许在夜间进行调查活动，那么公安机关的行为也是合法的。
可能不合法或需谨慎对待的情形：
- 无合法依据：如果公安机关没有紧急情况，也没有依法取得相关的法律文书，而仅仅是为了调查一般案件或进行常规询问，在半夜12点敲门询问可能构成对公民正常生活秩序的干扰，这种行为可能缺乏合法依据。
- 程序瑕疵：即使公安机关有合法的调查依据，但在执行过程中如果存在程序瑕疵，如未出示工作证件、未说明来意、未尊重公民的合法权益等，也可能影响行为的合法性。
法律建议：
- 公民权利：作为公民，你有权要求公安机关出示工作证件和相关的法律文书，了解询问的目的和依据。如果公安机关无法提供合法依据或存在程序瑕疵，你有权拒绝配合询问，并可以向公安机关的上级部门或纪检监察机关投诉。
- 配合义务：在公安机关依法进行调查活动时，公民也有义务配合询问，提供必要的协助。但配合询问并不意味着放弃自己的合法权益，公民仍然有权要求公安机关依法行事，尊重自己的合法权益。
可能后果：
- 如果公安机关的行为合法且程序正当，公民拒绝配合询问可能构成妨碍公务等违法行为，需要承担相应的法律责任。
- 如果公安机关的行为缺乏合法依据或存在程序瑕疵，公民有权拒绝配合，并可以向相关部门投诉或寻求法律救济。在这种情况下，公民通常不会因拒绝配合而承担法律责任。
总结：公安机关半夜12点敲门询问是否合法，取决于是否存在紧急情况、是否依法取得了相关的法律文书以及执行过程中是否存在程序瑕疵等因素。作为公民，在面对公安机关的调查活动时，既要了解自己的权利和义务，也要依法配合公安机关的调查工作。如果有任何疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。