结论：员工合同期满时，公司确实可以选择不续签合同，但这一决策必须严格遵循相关法律法规，确保合法合规，并可能需要向员工支付经济补偿。

一、公司可以选择不续签的一般情况

1. 合同期满自然终止：劳动合同期满后，公司与员工的劳动关系即告终止。公司有权根据自身的经营需要和员工的工作表现，决定是否与员工续签新的劳动合同。若公司决定不续签，应提前以书面形式通知员工，以便员工有足够的时间准备和应对。

2. 经济补偿的支付：在一般情况下，若公司不续签劳动合同，且员工不存在法定过错（如严重违反公司规章制度、严重失职等），公司通常需要向员工支付经济补偿。经济补偿的计算标准依据员工在本单位工作的年限确定，具体为每满一年支付一个月工资的标准；对于工作六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，则支付半个月工资的经济补偿。例如，若员工在公司工作了3年，月工资为5000元，那么公司应支付的经济补偿金为15000元。

二、限制公司不续签的特殊情况

然而，并非所有情况下公司都可以自由选择不续签劳动合同。存在以下特殊情形的，公司不能仅以合同到期为由不续签：

• 员工从事接触职业病危害作业且未进行离岗前职业健康检查，或疑似职业病病人在诊断或医学观察期间；
• 员工在本单位患职业病或因工负伤并被确认丧失或部分丧失劳动能力；
• 员工患病或非因工负伤，且在规定的医疗期内；
• 女职工在孕期、产期、哺乳期；
• 员工在本单位连续工作满十五年，且距法定退休年龄不足五年；
• 法律、行政法规规定的其他不得解除劳动合同的情形。

在这些特殊情况下，公司必须依法处理劳动关系，不得随意终止合同，否则可能面临法律责任。

三、合同中的特殊约定

此外，若劳动合同中存在特殊约定，如自动续期条款或续签条件等，公司在决定是否续签合同时还需考虑这些约定的影响。若合同中明确规定了自动续期的条件或方式，公司应按照约定执行，否则可能构成违约，需要承担相应的法律责任。

四、建议与注意事项

1. 提前沟通与通知：公司在决定不续签合同时，应提前与员工进行沟通，解释不续签的原因，并提前以书面形式通知员工，以便员工有足够的时间准备和寻找新的工作机会。

2. 全面经济补偿：对于因合同到期而被辞退的员工，公司需按法律规定支付全面的经济补偿，包括但不限于工资、福利、未休年假的补偿等。具体补偿标准取决于当地劳动法规定和公司政策。

3. 避免违法辞退：若公司在员工不存在法定过错且没有法定可终止劳动合同的情形下，不续签并辞退员工，属于违法解除劳动合同。此时，公司需按经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。因此，公司在做出不续签决定时，应确保决策的合法性和合理性。

4. 维护公司声誉与员工关系：在整个过程中，公司应保持与员工的良好沟通，提供必要的支持和帮助，以维护公司声誉和员工关系。这有助于降低法律风险，同时也有助于公司未来的招聘和人才保留工作。

作为宫洪臣律师，我建议公司在处理员工合同期满不续签的问题时，务必严格遵守相关法律法规和合同约定，确保决策的合法性和合理性。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。